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万見
- PDB-2nc9: Apo solution structure of Hop TPR2A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nc9
タイトルApo solution structure of Hop TPR2A
要素Stress-induced-phosphoprotein 1
キーワードCHAPERONE / heat-shock / Hsp90 / TPR
機能・相同性
機能・相同性情報


dynein axonemal particle / cellular response to interleukin-7 / protein folding chaperone complex / RND1 GTPase cycle / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Hsp90 protein binding / Golgi apparatus / protein-containing complex / RNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
STI1/HOP, DP domain / STI1/HOP, DP domain / Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / TPR repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain ...STI1/HOP, DP domain / STI1/HOP, DP domain / Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / TPR repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Stress-induced-phosphoprotein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsminimized average structure, model1
Model type detailsminimized average
データ登録者Darby, J.F. / Vidler, L.R. / Simpson, P.J. / Matthews, S.J. / Sharp, S.Y. / Pearl, L.H. / Hoelder, S. / Workman, P.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Solution structure of the Hop TPR2A domain and investigation of target druggability by NMR, biochemical and in silico approaches.
著者: Darby, J.F. / Vidler, L.R. / Simpson, P.J. / Al-Lazikani, B. / Matthews, S.J. / Sharp, S.Y. / Pearl, L.H. / Hoelder, S. / Workman, P.
履歴
登録2016年3月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stress-induced-phosphoprotein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5701
ポリマ－15,5701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Stress-induced-phosphoprotein 1 / STI1 / Hsc70/Hsp90-organizing protein / Hop / Renal carcinoma antigen NY-REN-11 / Transformation- ...STI1 / Hsc70/Hsp90-organizing protein / Hop / Renal carcinoma antigen NY-REN-11 / Transformation-sensitive protein IEF SSP 3521


分子量: 15569.569 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 280-350 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: pTWO-E base on pET17-b vector / 遺伝子: STIP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 (pLysS) / 参照: UniProt: P31948

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HN(CO)CA
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D HBHA(CO)NH
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D H(CCCO)NH-TOCSY
11013D (H)C(CCO)NH-TOCSY
11113D 1H-15N NOESY
11223D 1H-13C NOESY
11312D (HB)CB(CGCD)H-TOCSY
11412D 1H-13C HSQC aromatic
11512D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.01 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMentity-1[U-13C; U-15N]1
20 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
1 mMDTT-41
0.01 %sodium azide-51
1.5 mMentity-6[U-13C; U-15N]2
20 mMsodium phosphate-72
50 mMsodium chloride-82
1 mMDTT-92
0.01 %sodium azide-102
試料状態イオン強度: 70 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.1Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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