PDB-2nb2: Nigellin-1.1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nb2

タイトル

Nigellin-1.1

要素

nigellin-1.1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / AMP / antimicrobial peptide / plant antimicrobial peptides / defense peptides / blackseed / antifungal activity / antibacterial activity / hairpin-like peptide / alpha-hairpinin

機能・相同性

Nigellin-1.1

機能・相同性情報

生物種

Nigella sativa L (植物)

手法

溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics

Model details

fewest violations, model1

データ登録者

Bozin, T.N. / Bocharov, E.V. / Rogozhin, E.A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: A novel type of hairpin-like defense peptides from blackseed (Nigella sativa L.) contains three disulfide bridges
著者: Rogozhin, E.A. / Kozlov, S.A. / Andreev, Y.A. / Ryazantsev, Y.U. / Grishin, E.V. / Bozin, T.N. / Bocharov, E.V.

履歴

登録	2016年1月20日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nb2.cif.gz	314.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nb2.ent.gz	269.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nb2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nb2_validation.pdf.gz	392.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nb2_full_validation.pdf.gz	492.1 KB	表示
XML形式データ	2nb2_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	2nb2_validation.cif.gz	25.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/2nb2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/2nb2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1el2-d 1eln-d 2nz3-d 4hb1-d 2mxv-d 2ny8-d 1d53-1 2w0t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25959

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: nigellin-1.1

4.22 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	nigellin-1.1 分子量: 4224.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nigella sativa L (植物) / 参照: UniProt: A0A1S4NYD1*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-13C HSQC aliphatic
3	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D 1H-1H TOCSY
2	4	1	2D 1H-1H TOCSY
1	5	1	2D 1H-1H NOESY
1	6	2	2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1 mM nigellin-1.1, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	1 mM nigellin-1.1, 50 mM sodium chloride, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
1 mM	nigellin-1.1-1	1
50 mM	sodium chloride-2	1
1 mM	nigellin-1.1-3	2
50 mM	sodium chloride-4	2

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	0.05	3.5	ambient atm	303 K
2	0.05	3.5	ambient atm	310 K
3	0.05	3.5	ambient atm	296 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian Uniform NMR System 700 / 製造業者: Varian / モデル: Uniform NMR System 700 / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CARA	Keller and Wuthrich	chemical shift assignment
CARA	Keller and Wuthrich	peak picking
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	stereospecific assignment
MOLMOL	Koradi, Billeter and Wuthrich	3d visualization
MOLMOL	Koradi, Billeter and Wuthrich	データ解析
MOLMOL	Koradi, Billeter and Wuthrich	解析
NMRDraw	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	データ解析
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	データ解析
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
ACME	Delaglio, Zhengrong and Bax	coupling constant measurement

精密化

手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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