PDB-2nay: The structure of the Bt1.8 peptide synthesized by solid-phase method

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nay

タイトル

The structure of the Bt1.8 peptide synthesized by solid-phase method

要素

Conotoxin Bt1.8

キーワード

DE NOVO PROTEIN / HELIX

機能・相同性

Conotoxin, alpha-type / Alpha conotoxin precursor / host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Conotoxin Bt1.8

機能・相同性情報

生物種

Conus betulinus (ダイミョウイモ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Chenyun, G. / Biling, H.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The structure of the Bt1.8 peptide synthesized by solid-phase method
著者: Chenyun, G. / Biling, H.

履歴

登録	2016年1月14日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nay.cif.gz	74.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nay.ent.gz	52.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nay.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2nay_validation.pdf.gz	422.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2nay_full_validation.pdf.gz	578.9 KB	表示
XML形式データ	2nay_validation.xml.gz	19 KB	表示
CIF形式データ	2nay_validation.cif.gz	20.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/2nay ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/2nay	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2jn5-d 2i28-d 2m61-d 1etm-d 7bz9-d 1dg2-d 2moa-d 2mih-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25954

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Conotoxin Bt1.8

1.65 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Conotoxin Bt1.8 分子量: 1648.887 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-36 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus betulinus (ダイミョウイモ) / 参照: UniProt: A0A068B6Q6
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 2 mM entity-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 2 mM / 構成要素: entity-1
試料状態	pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 850 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
Sparky	Goddard	chemical shift assignment
CNS		精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

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