PDB-2naw: NMR solution structure of Exendin-4/conotoxin chimera (Ex-4[1-27]...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2naw

タイトル

NMR solution structure of Exendin-4/conotoxin chimera (Ex-4[1-27]/pl14a)

要素

Exendin-4, Alpha/kappa-conotoxin pl14a chimera

キーワード

TOXIN / agonist

機能・相同性

Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / hormone activity / regulation of blood pressure / toxin activity / extracellular region / Exendin-4

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Schroeder, C.I. / Swedberg, J.E. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Truncated Glucagon-like Peptide-1 and Exendin-4 alpha-Conotoxin pl14a Peptide Chimeras Maintain Potency and alpha-Helicity and Reveal Interactions Vital for cAMP Signaling in Vitro.
著者: Swedberg, J.E. / Schroeder, C.I. / Mitchell, J.M. / Fairlie, D.P. / Edmonds, D.J. / Griffith, D.A. / Ruggeri, R.B. / Derksen, D.R. / Loria, P.M. / Price, D.A. / Liras, S. / Craik, D.J.

履歴

登録	2016年1月12日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月25日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.3	2016年8月17日	Group: Database references
改定 1.4	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2naw.cif.gz	239.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2naw.ent.gz	199.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2naw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2naw_validation.pdf.gz	507.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2naw_full_validation.pdf.gz	635.7 KB	表示
XML形式データ	2naw_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	2naw_validation.cif.gz	30 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/2naw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/2naw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2navC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vwl-3 4b1q-d 2oon-d 2jvd-d 1dcr-d 1a9g-d 6o3s-d 1epi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25949

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (5) #184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Exendin-4, Alpha/kappa-conotoxin pl14a chimera

4.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Exendin-4, Alpha/kappa-conotoxin pl14a chimera 分子量: 4496.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P26349*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細	内容: 0.2 mM H2O, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 0.2 mM / 構成要素: H2O-1
試料状態	pH: 3.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
MOLMOL	Koradi, Billeter and Wuthrich	データ解析
TopSpin	Bruker Biospin	collection
XEASY	Bartels et al.	chemical shift assignment
XEASY	Bartels et al.	chemical shift calculation
XEASY	Bartels et al.	peak picking

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 506 / NOE intraresidue total count: 154 / NOE long range total count: 35 / NOE medium range total count: 122 / NOE sequential total count: 195 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 38 / Protein phi angle constraints total count: 19 / Protein psi angle constraints total count: 19

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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