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万見
- PDB-2nae: Membrane-bound mouse CD28 cytoplasmic tail -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2nae
タイトルMembrane-bound mouse CD28 cytoplasmic tail
要素T-cell-specific surface glycoprotein CD28
キーワードSIGNALING PROTEIN / CD28 / membrane bound protein / bicelle / costimulation / TCR
機能・相同性
機能・相同性情報


CD28 dependent PI3K/Akt signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / CD28 co-stimulation / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulatory T cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / regulation of regulatory T cell differentiation / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling ...CD28 dependent PI3K/Akt signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / CD28 co-stimulation / positive regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / regulatory T cell differentiation / protein complex involved in cell adhesion / regulation of regulatory T cell differentiation / PIP3 activates AKT signaling / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of interleukin-4 production / positive regulation of interleukin-10 production / immunological synapse / positive regulation of T cell proliferation / T cell proliferation / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of mitotic nuclear division / T cell activation / apoptotic signaling pathway / T cell receptor signaling pathway / protease binding / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / immune response / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T cell antigen CD28 / Cytotoxic T-lymphocyte protein 4/CD28 / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell-specific surface glycoprotein CD28
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Li, H. / Xu, C. / Pan, W.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2017
タイトル: Dynamic regulation of CD28 conformation and signaling by charged lipids and ions.
著者: Yang, W. / Pan, W. / Chen, S. / Trendel, N. / Jiang, S. / Xiao, F. / Xue, M. / Wu, W. / Peng, Z. / Li, X. / Ji, H. / Liu, X. / Jiang, H. / Wang, H. / Shen, H. / Dushek, O. / Li, H. / Xu, C.
履歴
登録2015年12月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年8月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell-specific surface glycoprotein CD28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0941
ポリマ－5,0941
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド T-cell-specific surface glycoprotein CD28


分子量: 5093.790 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 177-218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31041

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY
1313D 1H-15N NOESY (NOEs to lipid)
1413D 1H-13C NOESY (methyl; double 13C-filter)
1512D 1H-13C NOESY (aromatic; double 13C-filter)
1612D 1H-15N HSQC
1712D 1H-13C HSQC
1813D HNCO
1913D HNCA
11013D HN(CA)CB
11113D CBCA(CO)NH
11213D C(CO)NH
11313D HBHA(CO)NH
11413D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] mCD28CD-1, 100 mM POPG-2, 125 mM DHPC-3, 20 mM sodium phosphate-4, 10 % [U-2H] D2O-5, 90 % H2O-6, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMmCD28CD-1[U-13C; U-15N]1
100 mMPOPG-21
125 mMDHPC-31
20 mMsodium phosphate-41
10 %D2O-5[U-2H]1
90 %H2O-61
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.7 / 圧: ambient / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5.2.2Johnson, One Moon Scientificデータ解析
KUJIRA0.9843Naohiro Kobayashiデータ解析
X-PLOR NIH2.32Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.32Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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