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万見
- PDB-2na0: NMR structure of Guanylyl Cyclase Activator Protein 1 (GCAP1) mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2na0
タイトルNMR structure of Guanylyl Cyclase Activator Protein 1 (GCAP1) mutant V77E in a Ca2+-free/Mg2+-bound Activator State
要素Guanylyl cyclase-activating protein 1
キーワードLyase Activator / Signal transduction / Activator state
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of guanylate cyclase activity / guanylate cyclase regulator activity / cone photoreceptor outer segment / calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / positive regulation of guanylate cyclase activity / phototransduction / visual perception / cellular response to calcium ion / photoreceptor inner segment ...regulation of guanylate cyclase activity / guanylate cyclase regulator activity / cone photoreceptor outer segment / calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / positive regulation of guanylate cyclase activity / phototransduction / visual perception / cellular response to calcium ion / photoreceptor inner segment / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Guanylyl cyclase-activating protein 1 / Recoverin family / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanylyl cyclase-activating protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Lim, S. / Ames, J.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure of Guanylyl Cyclase Activator Protein 1 (GCAP1) Mutant V77E in a Ca2+-free/Mg2+-bound Activator State.
著者: Lim, S. / Peshenko, I.V. / Olshevskaya, E.V. / Dizhoor, A.M. / Ames, J.B.
履歴
登録2015年12月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月6日Group: Database references
改定 1.22016年3月16日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanylyl cyclase-activating protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,6411
ポリマ－23,6411
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Guanylyl cyclase-activating protein 1 / GCAP 1 / Guanylate cyclase activator 1A


分子量: 23641.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: GUCA1A, GCAP1, GUCA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46065
配列の詳細A MYRISTOYL GROUP (DERIVED FROM MYRISTIC ACID) IS COVALENTLY ATTACHED TO THE N-TERMINUS VIA AN AMIDE BOND.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1233D HNCO
1323D HNCA
1423D HN(CA)CB
1523D CBCA(CO)NH
1623D HBHA(CO)NH
1713D 1H-15N TOCSY
1813D 1H-15N NOESY
1933D HN(CA)CB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
15 mM [U-100% 2H] TRIS, 5 mM [U-100% 2H] DTT, 0.5 mM [U-100% 15N] GCAP1 (V77E) mutant, 5 mM MgCl2, 93 % H2O, 7 % [U-100% 2H] D2O, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
25 mM [U-100% 2H] TRIS, 5 mM [U-100% 2H] DTT, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] GCAP1 (V77E) mutant, 5 mM MgCl2, 93 % H2O, 7 % [U-100% 2H] D2O, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
35 mM [U-100% 2H] TRIS, 5 mM [U-100% 2H] DTT, 0.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] GCAP1 (V77E) mutant, 5 mM MgCl2, 93 % H2O, 7 % [U-100% 2H] D2O, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
5 mMTRIS-1[U-100% 2H]1
5 mMDTT-2[U-100% 2H]1
0.5 mMGCAP1 (V77E) mutant-3[U-100% 15N]1
5 mMMgCl2-41
93 %H2O-51
7 %D2O-6[U-100% 2H]1
5 mMTRIS-7[U-100% 2H]2
5 mMDTT-8[U-100% 2H]2
0.5 mMGCAP1 (V77E) mutant-9[U-100% 13C; U-100% 15N]2
5 mMMgCl2-102
93 %H2O-112
7 %D2O-12[U-100% 2H]2
5 mMTRIS-13[U-100% 2H]3
5 mMDTT-14[U-100% 2H]3
0.5 mMGCAP1 (V77E) mutant-15[U-13C; U-15N; U-2H]3
5 mMMgCl2-163
93 %H2O-173
7 %D2O-18[U-100% 2H]3
試料状態イオン強度: 20 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 320 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
XPLOR-NIH精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: A template homology model structure was refined using a refinement protocol of XPLOR-NIH with restraints from experimental data and, primary and secondary sequential analysis.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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