[日本語] English
万見
- PDB-2n9x: LC3 FUNDC1 complex structure -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n9x
タイトルLC3 FUNDC1 complex structure
要素
  • FUN14 domain-containing protein 1
  • Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
キーワードPROTEIN BINDING/PEPTIDE / protein/peptide / LC3 interacting region (LIR) / PROTEIN BINDING-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs / Macroautophagy / Receptor Mediated Mitophagy / axoneme ...SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / autophagy of mitochondrion / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs / Macroautophagy / Receptor Mediated Mitophagy / axoneme / organelle membrane / autophagosome membrane / mitophagy / autophagosome maturation / autophagosome assembly / autophagosome / endomembrane system / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Pexophagy / cellular response to starvation / mitochondrial membrane / macroautophagy / autophagy / KEAP1-NFE2L2 pathway / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / microtubule / mitochondrial outer membrane / response to hypoxia / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
FUN14 / FUN14 family / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FUN14 domain-containing protein 1 / Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Xia, B. / Kuang, Y.
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2016
タイトル: Structural basis for the phosphorylation of FUNDC1 LIR as a molecular switch of mitophagy.
著者: Kuang, Y. / Ma, K. / Zhou, C. / Ding, P. / Zhu, Y. / Chen, Q. / Xia, B.
履歴
登録2015年12月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
B: FUN14 domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2212
ポリマ－16,2212
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B / Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light chain 3-like protein 2 / MAP1A/MAP1B light chain 3 B / MAP1A/MAP1B LC3 B / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta


分子量: 14150.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3B, MAP1ALC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZQ8
#2: タンパク質・ペプチド FUN14 domain-containing protein 1


分子量: 2071.023 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 10-26 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IVP5

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HN(CO)CA
1613D HNCA
1713D HNCO
1813D HBHA(CO)NH
1913D (H)CCH-COSY
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY
11313D 1H-13C NOESY aromatic
11412D 1H-1H TOCSY
11512D 1H-1H NOESY
11613D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細内容: 0.9 mM [U-13C; U-15N] entity_1-1, 1.8 mM entity_2-2, 100 mM sodium chloride-3, 25 mM sodium phosphate-4, 10 % [U-2H] D2O-5, 1 % DSS-6, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMentity_1-1[U-13C; U-15N]1
1.8 mMentity_2-21
100 mMsodium chloride-31
25 mMsodium phosphate-41
10 %D2O-5[U-2H]1
1 %DSS-61
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

-
解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsProtein chi angle constraints total count: 112 / Protein other angle constraints total count: 338 / Protein phi angle constraints total count: 102 / Protein psi angle constraints total count: 83
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 6.5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.26 Å / 代表コンフォーマー: 1

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る