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万見
- PDB-2n94: NMR structure of yeast Bcd1 protein zinc finger -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n94
タイトルNMR structure of yeast Bcd1 protein zinc finger
要素Box C/D snoRNA protein 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Bcd1 / Zinc Finger
機能・相同性
機能・相同性情報


sno(s)RNA metabolic process / snoRNA localization / pre-snoRNP complex / box C/D snoRNP assembly / snoRNA binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosome biogenesis / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / HIT zinc finger / Zinc finger HIT-type profile. / Zinc finger, HIT-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Box C/D snoRNA protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bragantini, B. / Quinternet, M. / Manival, X.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Functional and Structural Insights of the Zinc-Finger HIT protein family members Involved in Box C/D snoRNP Biogenesis.
著者: Bragantini, B. / Tiotiu, D. / Rothe, B. / Saliou, J.M. / Marty, H. / Cianferani, S. / Charpentier, B. / Quinternet, M. / Manival, X.
履歴
登録2015年11月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Box C/D snoRNA protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,4833
ポリマ－5,3521
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 250structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Box C/D snoRNA protein 1


分子量: 5352.312 Da / 分子数: 1 / 断片: zinc finger domain (UNP residues 1-45) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: BCD1, YHR040W / プラスミド: pnEA-3cH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38772
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1212D 1H-15N HSQC
1312D 1H-13C HSQC aliphatic
1412D 1H-13C HSQC aromatic
1512D 1H-1H TOCSY
1613D CBCA(CO)NH
1713D HNCO
1813D HNCA
1913D HN(CA)CB
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY aliphatic
11313D 1H-13C NOESY aromatic
11412D 1H-15N HSQC long range
21512D 1H-1H NOESY
21612D 1H-1H TOCSY
21712D 1H-15N HSQC
21812D 1H-15N HSQC long range
21912D 1H-13C HSQC aliphatic
22012D 1H-13C HSQC aromatic
22113D CBCA(CO)NH
22213D HNCO
22313D HNCA
22413D HN(CA)CB
22513D (H)CCH-TOCSY
22613D 1H-15N NOESY
22713D 1H-13C NOESY aliphatic
22813D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.5 mM TCEP, 3 mM [U-2H] DTT, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMprotein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMsodium phosphate-21
150 mMsodium chloride-31
0.5 mMTCEP-41
3 mMDTT-5[U-2H]1
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11606.4ambient 313 K
21606.4ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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