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- PDB-2n8t: Solution Structure of the rNedd4 WW2 Domain-Cx43CT Peptide Comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n8t
タイトルSolution Structure of the rNedd4 WW2 Domain-Cx43CT Peptide Complex by NMR
要素
  • Cx43CT Peptide
  • E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4
キーワードLIGASE/peptide / rNedd4 WW2 / Cx43CT / phosphorylation / LIGASE / LIGASE-peptide complex
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular transport / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Regulation of gap junction activity / positive regulation of cell communication by chemical coupling / Gap junction assembly / Downregulation of ERBB4 signaling / Regulation of PTEN localization / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of nucleocytoplasmic transport / Regulation of PTEN stability and activity ...vascular transport / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Regulation of gap junction activity / positive regulation of cell communication by chemical coupling / Gap junction assembly / Downregulation of ERBB4 signaling / Regulation of PTEN localization / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of nucleocytoplasmic transport / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of glomerular filtration / RHOQ GTPase cycle / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of gonadotropin secretion / positive regulation of striated muscle tissue development / milk ejection reflex / positive regulation of morphogenesis of an epithelium / positive regulation of mesodermal cell differentiation / atrial ventricular junction remodeling / cell communication by chemical coupling / positive regulation of behavioral fear response / cell communication by electrical coupling / chronic inflammatory response / maintenance of protein localization in endoplasmic reticulum / Gap junction degradation / Formation of annular gap junctions / positive regulation of establishment of Sertoli cell barrier / negative regulation of sodium ion transport / neuroblast migration / regulation of cell communication by electrical coupling / columnar/cuboidal epithelial cell maturation / endocardial cushion development / negative regulation of trophoblast cell migration / ATP transport / microtubule-based transport / response to denervation involved in regulation of muscle adaptation / gap junction hemi-channel activity / monoatomic ion transmembrane transporter activity / nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / regulation of bone remodeling / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling / epididymis development / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane depolarization / contractile muscle fiber / positive regulation of meiotic nuclear division / endothelium development / glutathione transmembrane transporter activity / gap junction assembly / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / phosphothreonine residue binding / cardiac conduction / regulation of actin filament organization / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / cellular response to pH / connexin complex / fascia adherens / receptor catabolic process / gap junction / response to fluid shear stress / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / regulation protein catabolic process at postsynapse / cell-cell contact zone / Golgi-associated vesicle membrane / protein targeting to lysosome / negative regulation of DNA biosynthetic process / bone remodeling / skeletal muscle tissue regeneration / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway / gap junction channel activity / connexin binding / regulation of bone mineralization / cell-cell junction organization / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / HECT-type E3 ubiquitin transferase / export across plasma membrane / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / adult heart development / embryonic heart tube development / response to pH / proline-rich region binding / sodium channel inhibitor activity / RNA polymerase binding / tight junction / glutamate secretion / blood vessel morphogenesis / beta-2 adrenergic receptor binding / lens development in camera-type eye / intermediate filament / lysosomal transport / xenobiotic transport / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / embryonic digit morphogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / sodium ion transport / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / neuromuscular junction development / regulation of synapse organization / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / regulation of heart contraction
類似検索 - 分子機能
Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), C-terminal / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), alpha helix domain superfamily / Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Connexin, C-terminal / E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / : / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site ...Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), C-terminal / Gap junction alpha-1 protein (Cx43), alpha helix domain superfamily / Gap junction alpha-1 protein (Cx43) / Connexin, C-terminal / E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / : / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / C2 domain / C2 domain profile. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / C2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Gap junction alpha-1 protein / E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Spagnol, G. / Kieken, F. / Sorgen, P.L.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Studies of the Nedd4 WW Domains and Their Selectivity for the Connexin43 (Cx43) Carboxyl Terminus.
著者: Spagnol, G. / Kieken, F. / Kopanic, J.L. / Li, H. / Zach, S. / Stauch, K.L. / Grosely, R. / Sorgen, P.L.
履歴
登録2015年10月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4
B: Cx43CT Peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0532
ポリマ－6,0532
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4


分子量: 4435.713 Da / 分子数: 1 / 断片: WW2 Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Nedd4, Nedd4a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q62940, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: タンパク質・ペプチド Cx43CT Peptide / Connexin-43 / Cx43 / Gap junction 43 kDa heart protein


分子量: 1617.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized, purchased from a vendor / 参照: UniProt: P08050
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1313D HNHA
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY aliphatic
1813D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 0.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] rNedd4 WW2, 13 mM Cx43CT peptide, 1.8 mM potassium phosphate, 1 mM DTT, 137 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMrNedd4 WW2-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
13 mMCx43CT peptide-21
1.8 mMpotassium phosphate-31
1 mMDTT-41
137 mMsodium chloride-51
2.7 mMpotassium chloride-61
10 mMsodium phosphate-71
試料状態イオン強度: 156 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 25 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.1Dr. Michael Nilges, Institut Pasteur精密化
ARIA1.1Dr. Michael Nilges, Institut Pasteurgeometry optimization
ARIA1.1Dr. Michael Nilges, Institut Pasteur構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRDrawF. Delaglio, S. Grzesiek, G. W. Vuister, G. Zhu, J. Pfeifer and A. Bax解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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