PDB-2n8n: Solution structure of translation initiation factor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n8n

タイトル

Solution structure of translation initiation factor

要素

Translation initiation factor IF-1

キーワード

TRANSLATION / translation initiation / RNA-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

translation initiation factor activity / ribosome binding / rRNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Kim, D. / Lee, K. / Lee, B.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2017
タイトル: Structure and dynamics study of translation initiation factor 1 from Staphylococcus aureus suggests its RNA binding mode
著者: Kim, D.H. / Kang, S.J. / Lee, K.Y. / Jang, S.B. / Kang, S.M. / Lee, B.J.

履歴

登録	2015年10月21日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月16日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n8n.cif.gz	457.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n8n.ent.gz	384 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n8n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2n8n_validation.pdf.gz	535.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2n8n_full_validation.pdf.gz	707 KB	表示
XML形式データ	2n8n_validation.xml.gz	37.5 KB	表示
CIF形式データ	2n8n_validation.cif.gz	53 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/2n8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/2n8n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6wav-1 1lx8-d 4a4i-2 2m3a-d 5d78-d 2hg7-d 1hst-1 6l0w-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25856

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (2) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (2) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Translation initiation factor IF-1

8.29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Translation initiation factor IF-1 分子量: 8291.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: infA, SAV2228 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P65118, UniProt: Q2FW28*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D HNCO
1	2	1	3D HCACO
1	3	1	3D HNCA
1	4	1	3D HN(CO)CA
1	5	1	3D HN(CA)CB
1	6	1	3D HN(COCA)CB
1	7	1	3D 1H-15N NOESY
1	8	1	3D 1H-13C NOESY
1	9	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	10	1	3D 1H-15N TOCSY

-
試料調製

詳細

内容: 0.1mM PMSF-1, 1mM EDTA-2, 50mM sodium chloride-3, 20mM MES-4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
0.1 mM	PMSF-1	1
1 mM	EDTA-2	1
50 mM	sodium chloride-3	1
20 mM	MES-4	1

試料状態

イオン強度: 50 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	900	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRView	Johnson, One Moon Scientific	chemical shift assignment
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 730 / NOE intraresidue total count: 117 / NOE long range total count: 284 / NOE medium range total count: 78 / NOE sequential total count: 251

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 0.43 Å / 代表コンフォーマー: 1

NMR ensemble rms

Distance rms dev: 0.02 Å

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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