PDB-2n8k: Chemical Shift Assignments and Structure Determination for spider...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n8k

タイトル

Chemical Shift Assignments and Structure Determination for spider toxin, U33-theraphotoxin-Cg1c

要素

U33-theraphotoxin-Cg1b

キーワード

TOXIN / Disulfide-directed hairpin

機能・相同性

Lipase, subunit A / Lipase, subunit A / ion channel regulator activity / Ribbon / toxin activity / extracellular region / Mainly Beta / U33-theraphotoxin-Cg1b

機能・相同性情報

生物種

Chilobrachys guangxiensis (クモ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Chin, Y.K.-Y. / Pineda, S.S. / Mobli, M. / King, G.F.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural venomics reveals evolution of a complex venom by duplication and diversification of an ancient peptide-encoding gene.
著者: Pineda, S.S. / Chin, Y.K. / Undheim, E.A.B. / Senff, S. / Mobli, M. / Dauly, C. / Escoubas, P. / Nicholson, G.M. / Kaas, Q. / Guo, S. / Herzig, V. / Mattick, J.S. / King, G.F.

履歴

登録	2015年10月20日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月8日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n8k.cif.gz	489.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n8k.ent.gz	415.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n8k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/2n8k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/2n8k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2n6nC 2n6rC 6ba3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1hs5-d 1oav-d 2lgw-d 2ked-d 3l0r-1 1kum-d 6z5w-d 1sdf-d 4rms-d 5ijm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25853

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: U33-theraphotoxin-Cg1b

8.14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 30	Stereochemical property by Molprobity
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	U33-theraphotoxin-Cg1b / U33-TRTX-Cg1b / Jingzhaotoxin-71 / JZTX-71 分子量: 8143.156 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-98 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chilobrachys guangxiensis (クモ) / プラスミド: pLICC vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B1P1J0
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D CBCA(CO)NH
1	3	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D 1H-15N NOESY
1	6	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	7	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	8	1	3D HBHA(CO)NH
1	9	1	4D HCC(CO)NH-TOCSY

-
試料調製

詳細

内容: 300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Cg1c, 10 uM DSS, 5 % sodium azide, 20 mM MES, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
300 uM	Cg1c-1	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1
10 uM	DSS-2		1
5 %	sodium azide-3		1
20 mM	MES-4		1

試料状態

pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance II+ / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
TALOS		Cornilescu, Delaglio and Bax	dihedral angle prediction
TopSpin	3.2	Bruker Biospin	collection
Sparky		Goddard	chemical shift assignment
Rowland_NMR_Toolkit		Hoch JC	processing nus data
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: Stereochemical property by Molprobity
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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