PDB-2n7s: Solution Structure of Leptospiral LigA4 Big Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n7s

タイトル

Solution Structure of Leptospiral LigA4 Big Domain

要素

Ig-like repeat domain protein 1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / PDZ

機能・相同性

機能・相同性情報

Immunoglobulin-like - #1080 / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Mei, S.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2015
タイトル: Solution structure of leptospiral LigA4 Big domain.
著者: Mei, S. / Zhang, J. / Zhang, X. / Tu, X.

履歴

登録	2015年9月17日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2015年10月21日	ID: 2N2I
改定 1.0	2015年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月7日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n7s.cif.gz	584.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n7s.ent.gz	505.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n7s.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2n7s_validation.pdf.gz	532.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2n7s_full_validation.pdf.gz	715.8 KB	表示
XML形式データ	2n7s_validation.xml.gz	45 KB	表示
CIF形式データ	2n7s_validation.cif.gz	55.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/2n7s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/2n7s	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ss2-d 2y22-1 5yrx-d 3qp3-1 6dix-1 4h6h-2 2wj7-3 4yk3-3 4h6h-4 6s5x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25819

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ig-like repeat domain protein 1

9.48 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 1799	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Ig-like repeat domain protein 1 分子量: 9481.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 (バクテリア) 株: Fiocruz L1-130 / 遺伝子: ligA, LIC_10465 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G1UB65, UniProt: Q72V39*PLUS

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 2D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細	内容: 100 mM sodium chloride-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 100 mM / 構成要素: sodium chloride-1
試料状態	イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 20 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software

名称	開発者	分類
Sparky	Goddard	chemical shift assignment
PyMOL		精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 1799 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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