PDB-2n7r: Structure of the transmembrane domain of human nicastrin in DPC m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2n7r

タイトル

Structure of the transmembrane domain of human nicastrin in DPC micelles

要素

Nicastrin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Detergent micelles / gamma-secretase / nicastrin

機能・相同性

機能・相同性情報

amyloid precursor protein biosynthetic process / gamma-secretase complex / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / short-term synaptic potentiation / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Noncanonical activation of NOTCH3 / TGFBR3 PTM regulation / Notch receptor processing / central nervous system myelination / membrane protein intracellular domain proteolysis ...amyloid precursor protein biosynthetic process / gamma-secretase complex / aspartic endopeptidase activity, intramembrane cleaving / short-term synaptic potentiation / positive regulation of amyloid precursor protein biosynthetic process / Noncanonical activation of NOTCH3 / TGFBR3 PTM regulation / Notch receptor processing / central nervous system myelination / membrane protein intracellular domain proteolysis / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Regulated proteolysis of p75NTR / amyloid precursor protein metabolic process / regulation of long-term synaptic potentiation / myeloid cell homeostasis / growth factor receptor binding / azurophil granule membrane / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / glutamate receptor signaling pathway / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / adult behavior / membrane protein ectodomain proteolysis / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / endopeptidase activator activity / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / T cell proliferation / Nuclear signaling by ERBB4 / NRIF signals cell death from the nucleus / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Notch signaling pathway / Degradation of the extracellular matrix / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / cellular response to calcium ion / cerebellum development / epithelial cell proliferation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / sarcolemma / protein processing / synaptic vesicle / melanosome / presynaptic membrane / ATPase binding / neuron apoptotic process / protein-macromolecule adaptor activity / learning or memory / early endosome / endosome membrane / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / proteolysis / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Li, Y. / Liew, L. / Li, Q. / Kang, C.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structure of the transmembrane domain of human nicastrin-a component of gamma-secretase
著者: Li, Y. / Liew, L.S. / Li, Q. / Kang, C.

履歴

登録	2015年9月17日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2n7r.cif.gz	286.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2n7r.ent.gz	238.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2n7r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2n7r_validation.pdf.gz	402.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2n7r_full_validation.pdf.gz	525.9 KB	表示
XML形式データ	2n7r_validation.xml.gz	16.8 KB	表示
CIF形式データ	2n7r_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/2n7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/2n7r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2n7qC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2na9-d 1yib-d 6vjo-d 1dx7-d 6gol-d 5los-d 4gif-d 2llm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25818

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (2) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

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wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (5)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (3)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
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#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
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神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Nicastrin

5.99 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Nicastrin 分子量: 5992.000 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 664-709 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92542

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D HNCA
1	3	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	3D HN(COCA)CB
1	5	1	3D HNCO
1	6	1	3D 1H-15N NOESY
1	7	1	3D HBHA(CO)NH

-
試料調製

詳細

内容: 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] transmembrane domain of human nicastrin-1, 20 mM sodium phosphate-2, 200 mM DPC-3, 1 mM DTT-4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.8 mM	transmembrane domain of human nicastrin-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
20 mM	sodium phosphate-2		1
200 mM	DPC-3		1
1 mM	DTT-4		1

試料状態

イオン強度: 20 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 313 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	chemical shift assignment
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	構造決定
XPLORE-NIH	Schwieters, Clore	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: simulation annealing was conducted. Totally 56 structures were calculated and 20 of them were selected. structures were then energy minimized.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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関連情報:EMDBヘッダ

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