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- PDB-2n7l: NMR structure of the N-domain of troponin C bound to the switch r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n7l
タイトルNMR structure of the N-domain of troponin C bound to the switch region of troponin I and the covalent levosimendan analog i9
要素Troponin C/Troponin I chimera
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / troponin C / calcium sensitizer / contraction regulation / levosimendan
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of systemic arterial blood pressure by ischemic conditions / troponin C binding / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / cardiac myofibril / cardiac Troponin complex / troponin complex / regulation of smooth muscle contraction ...regulation of systemic arterial blood pressure by ischemic conditions / troponin C binding / regulation of muscle filament sliding speed / troponin T binding / diaphragm contraction / regulation of ATP-dependent activity / cardiac myofibril / cardiac Troponin complex / troponin complex / regulation of smooth muscle contraction / regulation of muscle contraction / transition between fast and slow fiber / negative regulation of ATP-dependent activity / Striated Muscle Contraction / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / response to metal ion / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / heart contraction / troponin I binding / skeletal muscle contraction / vasculogenesis / calcium channel inhibitor activity / cardiac muscle contraction / Ion homeostasis / sarcomere / intracellular calcium ion homeostasis / calcium-dependent protein binding / actin filament binding / heart development / actin binding / protein domain specific binding / calcium ion binding / protein kinase binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Troponin I residues 1-32 / Troponin I residues 1-32 / : / Troponin / Troponin domain superfamily / Troponin / EF-hand domain pair / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif ...Troponin I residues 1-32 / Troponin I residues 1-32 / : / Troponin / Troponin domain superfamily / Troponin / EF-hand domain pair / : / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Troponin I, cardiac muscle / Troponin C, slow skeletal and cardiac muscles
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Pineda Sanabria, S.E. / Sykes, B.D. / Robertson, I.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Troponin C with covalently bound levosimendan analog i9 enhances contraction in cardiac muscle fibers
著者: Pineda Sanabria, S.E. / Robertson, I.M. / Sun, Y. / Irving, M. / Sykes, B.D.
履歴
登録2015年9月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Troponin C/Troponin I chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2582
ポリマ－16,2181
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Troponin C/Troponin I chimera / TN-C / Cardiac troponin I


分子量: 16218.341 Da / 分子数: 1 / 変異: C35S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNNC, TNNC1, TNNI3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63316, UniProt: P19429
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D HN(CA)CB
1423D CBCA(CO)NH
1513D HNHA
1623D H(CCO)NH
1723D C(CO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1933D 1H-13C NOESY aliphatic
1102gnoesyChsqc CNfilt
11132D 1H-1H NOESY CN filtered
11232D 1H-1H TOCSY
11332D 1H-19F HMQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-0.8 mM [U-15N] protein_1, 100 mM potassium chloride, 10 mM imidazole, 2 mM calcium chloride, 0.25 mM [U-99% 2H] DSS, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5-0.8 mM [U-13C; U-15N] protein_1, 100 mM potassium chloride, 10 mM imidazole, 2 mM calcium chloride, 0.25 mM [U-99% 2H] DSS, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.5-0.8 mM [U-13C; U-15N] protein_1, 100 mM potassium chloride, 10 mM [U-99% 2H] imidazole, 2 mM calcium chloride, 0.25 mM [U-99% 2H] DSS, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMentity_1-1[U-15N]0.5-0.81
100 mMpotassium chloride-21
10 mMimidazole-31
2 mMcalcium chloride-41
0.25 mMDSS-5[U-99% 2H]1
mMentity_1-6[U-13C; U-15N]0.5-0.82
100 mMpotassium chloride-72
10 mMimidazole-82
2 mMcalcium chloride-92
0.25 mMDSS-10[U-99% 2H]2
mMentity_1-11[U-13C; U-15N]0.5-0.83
100 mMpotassium chloride-123
10 mMimidazole-13[U-99% 2H]3
2 mMcalcium chloride-143
0.25 mMDSS-15[U-99% 2H]3
試料状態pH: 6.9 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJVariancollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxprediction of phi and psi dihedral angles
X-PLOR NIH2.35Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.35Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
PRODRGA. W. Sch ttelkopf and D. M. F. van Aaltengeneration of topology and parameter files for non-standard aminoacid ci9
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1284 / NOE intraresidue total count: 794 / NOE medium range total count: 215 / NOE sequential total count: 275 / Protein phi angle constraints total count: 49 / Protein psi angle constraints total count: 50
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.4 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.4 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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