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万見
- PDB-2n6z: Solution structure of the salicylate-loaded ArCP from yersiniabac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n6z
タイトルSolution structure of the salicylate-loaded ArCP from yersiniabactin synthetase
要素HMWP2 nonribosomal peptide synthetase
キーワードLIGASE / Carrier Protein / Substrate-Loaded / Nonribosomal Peptide Synthetase / Yersiniabactin
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin biosynthetic process / phosphopantetheine binding / catalytic activity
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / ACP-like / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily ...Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / ACP-like / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Yersiniabactin biosynthetic protein / Yersiniabactin biosynthetic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Goodrich, A.C. / Harden, B.J. / Frueh, D.P.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Solution Structure of a Nonribosomal Peptide Synthetase Carrier Protein Loaded with Its Substrate Reveals Transient, Well-Defined Contacts.
著者: Goodrich, A.C. / Harden, B.J. / Frueh, D.P.
履歴
登録2015年8月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Database references
改定 1.22015年10月7日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02024年9月25日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_torsion / struct_asym / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_main_chain_plane.auth_comp_id / _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id
改定 2.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HMWP2 nonribosomal peptide synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2502
ポリマ－9,7711
非ポリマー4781
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 HMWP2 nonribosomal peptide synthetase / Yersiniabactin biosynthetic protein


分子量: 9771.064 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 14-93 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: irp2, y2399, YPO1911 / プラスミド: pET-DUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CI41, UniProt: A0A3N4B635*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-A1A7S / S-{2-[(N-{(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-[(trihydroxy-lambda~5~-phosphanyl)oxy]butanoyl}-beta-alanyl)amino]ethyl} 2-hydroxybenzene-1-carbothioate / Yersiniabactin biosynthetic protein


分子量: 478.454 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 14-93 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C18H27N2O9PS / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 遺伝子: irp2, y2399, YPO1911 / プラスミド: pET-DUET-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HNCO
1323D HNCA
1423D HN(CA)CB
1523D H(CCO)NH
1623D HN(CA)CO
1713D 1H-15N NOESY
1822D 1H-13C HSQC
1933D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.3-0.4 mM [U-99% 15N] Loaded-ArCP-1, 50 mM ACES-2, 0.5 mM TCEP-3, 150 mM sodium chloride-4, 1 mM magnesium chloride-5, 0.1 mM DSS-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.3-0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Loaded-ArCP-7, 50 mM ACES-8, 0.5 mM TCEP-9, 150 mM sodium chloride-10, 1 mM magnesium chloride-11, 0.1 mM DSS-12, 2 mM ATP-13, 2 mM sodium salicylate-14, 0.02-0.10 uM Adenylation domain YbtE-15, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.3-0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Loaded-ArCP-16, 50 mM ACES-17, 0.5 mM TCEP-18, 150 mM sodium chloride-19, 1 mM magnesium chloride-20, 0.1 mM DSS-21, 2 mM ATP-22, 0.5 mM [U-100% 13C] sodium salicylate-23, 0.02-0.10 uM Adenylation domain YbtE-24, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMLoaded-ArCP-1[U-99% 15N]0.3-0.41
50 mMACES-21
0.5 mMTCEP-31
150 mMsodium chloride-41
1 mMmagnesium chloride-51
0.1 mMDSS-61
mMLoaded-ArCP-7[U-99% 13C; U-99% 15N]0.3-0.42
50 mMACES-82
0.5 mMTCEP-92
150 mMsodium chloride-102
1 mMmagnesium chloride-112
0.1 mMDSS-122
2 mMATP-132
2 mMsodium salicylate-142
uMAdenylation domain YbtE-150.02-0.102
mMLoaded-ArCP-16[U-99% 13C; U-99% 15N]0.3-0.43
50 mMACES-173
0.5 mMTCEP-183
150 mMsodium chloride-193
1 mMmagnesium chloride-203
0.1 mMDSS-213
2 mMATP-223
0.5 mMsodium salicylate-23[U-100% 13C]3
uMAdenylation domain YbtE-240.02-0.103
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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