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万見
- PDB-2n6f: Structure of Pleiotrophin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n6f
タイトルStructure of Pleiotrophin
要素Pleiotrophin
キーワードHeparin-binding Protein / cytokine / glycosaminoglycan-binding protein / mitogen / angiogenesis
機能・相同性
機能・相同性情報


dendrite regeneration / ossification involved in bone remodeling / cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / chondroitin sulfate binding / regulation of stem cell population maintenance / regulation of endothelial cell migration / MDK and PTN in ALK signaling / dendrite arborization / tissue regeneration ...dendrite regeneration / ossification involved in bone remodeling / cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / leukocyte chemotaxis involved in inflammatory response / chondroitin sulfate binding / regulation of stem cell population maintenance / regulation of endothelial cell migration / MDK and PTN in ALK signaling / dendrite arborization / tissue regeneration / response to auditory stimulus / positive regulation of stem cell differentiation / positive regulation of leukocyte chemotaxis / positive regulation of ossification / positive regulation of hepatocyte proliferation / positive regulation of dendrite development / regulation of myelination / regulation of hemopoiesis / negative regulation of neuroblast proliferation / Signaling by ALK / oogenesis / protein phosphatase inhibitor activity / receptor clustering / positive regulation of axon regeneration / bone mineralization / positive regulation of cell division / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / decidualization / negative regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of bone mineralization / estrous cycle / molecular function activator activity / learning / integrin-mediated signaling pathway / growth factor activity / Schaffer collateral - CA1 synapse / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of neuron projection development / memory / integrin binding / nervous system development / heparin binding / carbohydrate binding / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Pleiotrophin/Midkine heparin-binding growth factor, conserved site / PTN/MK heparin-binding protein family signature 1. / PTN/MK heparin-binding protein family signature 2. / Midkine heparin-binding growth factor / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine disulphide-rich domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain superfamily / PTN/MK heparin-binding protein family, C-terminal domain ...Pleiotrophin/Midkine heparin-binding growth factor, conserved site / PTN/MK heparin-binding protein family signature 1. / PTN/MK heparin-binding protein family signature 2. / Midkine heparin-binding growth factor / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain / Pleiotrophin/Midkine disulphide-rich domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, N-terminal domain superfamily / Pleiotrophin/Midkine, C-terminal domain superfamily / PTN/MK heparin-binding protein family, C-terminal domain / PTN/MK heparin-binding protein family, N-terminal domain / Pleiotrophin / midkine family
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model1
データ登録者Ryan, E.O. / Shen, D. / Wang, X.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Structural studies reveal an important role for the pleiotrophin C-terminus in mediating interactions with chondroitin sulfate.
著者: Ryan, E. / Shen, D. / Wang, X.
履歴
登録2015年8月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pleiotrophin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3471
ポリマ－15,3471
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Pleiotrophin / PTN / Heparin-binding brain mitogen / HBBM / Heparin-binding growth factor 8 / HBGF-8 / Heparin- ...PTN / Heparin-binding brain mitogen / HBBM / Heparin-binding growth factor 8 / HBGF-8 / Heparin-binding growth-associated molecule / HB-GAM / Heparin-binding neurite outgrowth-promoting factor 1 / HBNF-1 / Osteoblast-specific factor 1 / OSF-1


分子量: 15346.931 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Two domains connected by a flexible linker / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBNF1, NEGF1, PTN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami BL21(DE3) / 参照: UniProt: P21246
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Solution Structure of Pleiotrophin
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D CBCA(CO)NH
1413D H(CCO)NH
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY
1813D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PTN, 10 % v/v D2O, 10 mM MES, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMPTN-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 v/vD2O-21
10 mMMES-31
150 mMsodium chloride-41
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: water refinement with the default protocol
NMR constraintsNOE constraints total: 749 / NOE intraresidue total count: 263 / NOE long range total count: 147 / NOE medium range total count: 44 / NOE sequential total count: 295 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 63 / Protein psi angle constraints total count: 62
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルAverage torsion angle constraint violation: 0.9 °
コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 9 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.73 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.08 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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