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万見
- PDB-2n64: NMR Structure of the C-terminal Coiled-Coil Domain of CIN85 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n64
タイトルNMR Structure of the C-terminal Coiled-Coil Domain of CIN85
要素SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Adaptor Protein / Coiled-Coil Domain / B-cell Antigen Receptor Signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


Reelin signalling pathway / positive regulation of B cell activation / endocytic vesicle / cytoskeleton organization / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / actin filament organization / EGFR downregulation / cytoplasmic vesicle membrane / Negative regulation of MET activity ...Reelin signalling pathway / positive regulation of B cell activation / endocytic vesicle / cytoskeleton organization / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / actin filament organization / EGFR downregulation / cytoplasmic vesicle membrane / Negative regulation of MET activity / SH3 domain binding / endocytosis / cell-cell junction / cell migration / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / cell-cell signaling / Clathrin-mediated endocytosis / regulation of cell shape / Potential therapeutics for SARS / cytoskeleton / neuron projection / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / synapse / apoptotic process / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, first SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, second SH3 domain / SH3 domain-containing kinase-binding protein 1, third SH3 domain / : / Variant SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model14
データ登録者Habeck, M. / Becker, S. / Griesinger, C. / Wong, L.E.
引用ジャーナル: Sci.Signal. / 年: 2016
タイトル: The adaptor protein CIN85 assembles intracellular signaling clusters for B cell activation.
著者: Kuhn, J. / Wong, L.E. / Pirkuliyeva, S. / Schulz, K. / Schwiegk, C. / Funfgeld, K.G. / Keppler, S. / Batista, F.D. / Urlaub, H. / Habeck, M. / Becker, S. / Griesinger, C. / Wienands, J.
履歴
登録2015年8月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
B: SH3 domain-containing kinase-binding protein 1
C: SH3 domain-containing kinase-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2873
ポリマ－26,2873
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 2440every 84th structure after convergence
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 SH3 domain-containing kinase-binding protein 1 / CD2-binding protein 3 / CD2BP3 / Cbl-interacting protein of 85 kDa / Human Src family kinase- ...CD2-binding protein 3 / CD2BP3 / Cbl-interacting protein of 85 kDa / Human Src family kinase-binding protein 1 / HSB-1


分子量: 8762.185 Da / 分子数: 3 / 断片: Coiled coil domain residues 594-665 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SH3KBP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96B97

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N TROSY-HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1313D HN(CA)CB
1413D HNCO
1513D HN(CA)CO
1613D 1H-15N NOESY
1723D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-3 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIN85 CC-domain, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21-3 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIN85 CC-domain, 1-3 mM [U-2H] CIN85 CC-domain, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMCIN85 CC-domain-1[U-13C; U-15N; U-2H]1-31
mMCIN85 CC-domain-2[U-13C; U-15N; U-2H]1-32
mMCIN85 CC-domain-3[U-2H]1-32
試料状態pH: 6.9 / 圧: ambient / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4Keller and Wuthrichpeak picking
ISD_(Inferential_structure_determination)Rieping, Habeck, and Nilges精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: posterior sampling using Markov chain Monte Carlo (replica exchange simulation)
NMR constraintsNOE constraints total: 64 / Protein phi angle constraints total count: 66 / Protein psi angle constraints total count: 66
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: every 84th structure after convergence
計算したコンフォーマーの数: 2440 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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