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- PDB-2n5r: NMR structure of cFLIP-derived calmodulin binding peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n5r
タイトルNMR structure of cFLIP-derived calmodulin binding peptide
要素CASP8 and FADD-like apoptosis regulator
キーワードAPOPTOSIS / calmodulin
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of myoblast fusion / skeletal muscle atrophy / skeletal myofibril assembly / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / ripoptosome / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 ...negative regulation of myoblast fusion / skeletal muscle atrophy / skeletal myofibril assembly / TRAIL signaling / CD95 death-inducing signaling complex / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / ripoptosome / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / regulation of necroptotic process / positive regulation of extracellular matrix organization / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / skeletal muscle tissue regeneration / positive regulation of hepatocyte proliferation / death-inducing signaling complex / death receptor binding / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / RIPK1-mediated regulated necrosis / response to testosterone / macrophage differentiation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cellular response to dexamethasone stimulus / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / skeletal muscle tissue development / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / cellular response to nitric oxide / cellular response to epidermal growth factor stimulus / Regulation of TNFR1 signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / enzyme activator activity / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of neuron projection development / cellular response to insulin stimulus / positive regulation of neuron apoptotic process / protease binding / cellular response to hypoxia / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / cysteine-type endopeptidase activity / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / proteolysis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain ...Death effector domain / Death effector domain / Death effector domain (DED) profile. / Death effector domain / Peptidase C14A, caspase catalytic domain / Caspase, interleukin-1 beta converting enzyme (ICE) homologues / Peptidase C14, p20 domain / Caspase family p20 domain profile. / : / Caspase domain / Caspase-like domain superfamily / Death-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CASP8 and FADD-like apoptosis regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry
Model detailsclosest to the average, model7
データ登録者Panaitiu, A.E.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Identification and Characterization of the Interaction Site between cFLIPL and Calmodulin.
著者: Gaidos, G. / Panaitiu, A.E. / Guo, B. / Pellegrini, M. / Mierke, D.F.
履歴
登録2015年7月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CASP8 and FADD-like apoptosis regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5621
ポリマ－1,5621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 97structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CASP8 and FADD-like apoptosis regulator / Caspase homolog / CASH / Caspase-eight-related protein / Casper / Caspase-like apoptosis regulatory ...Caspase homolog / CASH / Caspase-eight-related protein / Casper / Caspase-like apoptosis regulatory protein / CLARP / Cellular FLICE-like inhibitory protein / c-FLIP / FADD-like antiapoptotic molecule 1 / FLAME-1 / Inhibitor of FLICE / I-FLICE / MACH-related inducer of toxicity / MRIT / Usurpin / CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p43 / CASP8 and FADD-like apoptosis regulator subunit p12


分子量: 1561.980 Da / 分子数: 1 / 断片: DED 1 domain residues 62-73 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15519

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験タイプ: 2D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 20 mM potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
20 mMpotassium phosphate-11
150 mMsodium chloride-21
1 mMcalcium chloride-31
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
in-house_softwareDale F. Mierke精密化
精密化手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 97 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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