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- PDB-2n5c: Solution NMR structure of the lasso peptide chaxapeptin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n5c
タイトルSolution NMR structure of the lasso peptide chaxapeptin
要素chaxapeptin
キーワードCELL INVASION / chaxapeptin / RiPPs / genome mining / Atacama Desert / Streptomyces
機能・相同性Ls3A-pre-pro-peptide
機能・相同性情報
生物種Streptomyces leeuwenhoekii (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, distance geometry
データ登録者Elsayed, S.S. / Trusch, F. / Deng, H. / Raab, A. / Prokes, I. / Busarakam, K. / Asenjo, J.A. / Andrews, B.A. / van West, P. / Bull, A.T. ...Elsayed, S.S. / Trusch, F. / Deng, H. / Raab, A. / Prokes, I. / Busarakam, K. / Asenjo, J.A. / Andrews, B.A. / van West, P. / Bull, A.T. / Goodfellow, M. / Yi, Y. / Ebel, R. / Jaspars, M. / Rateb, M.E.
引用ジャーナル: J.Org.Chem. / 年: 2015
タイトル: Chaxapeptin, a Lasso Peptide from Extremotolerant Streptomyces leeuwenhoekii Strain C58 from the Hyperarid Atacama Desert.
著者: Elsayed, S.S. / Trusch, F. / Deng, H. / Raab, A. / Prokes, I. / Busarakam, K. / Asenjo, J.A. / Andrews, B.A. / van West, P. / Bull, A.T. / Goodfellow, M. / Yi, Y. / Ebel, R. / Jaspars, M. / Rateb, M.E.
履歴
登録2015年7月14日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chaxapeptin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,6341
ポリマ－1,6341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 20structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド chaxapeptin


分子量: 1633.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Isolate from hyper-arid Atacama Desert
由来: (天然) Streptomyces leeuwenhoekii (バクテリア)
株: C58 / 参照: UniProt: A0A0F7VRL1*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111D 1H
1211D 13C
1311D DEPTQ
1412D 1H-15N HSQC
1512D 1H-1H COSY
1612D 1H-1H TOCSY
1712D HMBC
1812D 1H-1H NOESY
1913D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細内容: 4 mM chaxapeptin, 100% DMSO / 溶媒系: 100% DMSO
試料濃度: 4 mM / 構成要素: chaxapeptin-1
試料状態圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Varian VNMRSVarianVNMRS6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
WHAT IF11.12.31Vriendgeometry optimization
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing, distance geometry / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 156 / NOE intraresidue total count: 34 / NOE long range total count: 62 / NOE medium range total count: 14 / NOE sequential total count: 46
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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