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万見
- PDB-2n40: Solution structure of the link module of human tsg-6 in presence ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n40
タイトルSolution structure of the link module of human tsg-6 in presence of a chondroitin 4-sulfate hexasaccharide
要素Tumor necrosis factor-inducible gene 6 protein
キーワードCELL ADHESION / LINK MODULE / TSG-6 / GLYCOPROTEIN / CHONDROITIN SULFATE
機能・相同性
機能・相同性情報


fibronectin fibril organization / hyaluronan metabolic process / ovarian cumulus expansion / hyaluronic acid binding / carboxylesterase activity / negative regulation of neutrophil chemotaxis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / negative regulation of osteoclast differentiation / fibronectin binding / negative regulation of BMP signaling pathway ...fibronectin fibril organization / hyaluronan metabolic process / ovarian cumulus expansion / hyaluronic acid binding / carboxylesterase activity / negative regulation of neutrophil chemotaxis / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / negative regulation of osteoclast differentiation / fibronectin binding / negative regulation of BMP signaling pathway / negative regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of receptor clustering / negative regulation of inflammatory response / tertiary granule lumen / cell-cell signaling / ficolin-1-rich granule lumen / cell adhesion / positive regulation of cell migration / inflammatory response / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Link domain / Extracellular link domain / Link domain signature. / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily ...Link domain / Extracellular link domain / Link domain signature. / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tumor necrosis factor-inducible gene 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Park, Y. / Prestegard, J.H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Nuclear Magnetic Resonance Insight into the Multiple Glycosaminoglycan Binding Modes of the Link Module from Human TSG-6.
著者: Park, Y. / Jowitt, T.A. / Day, A.J. / Prestegard, J.H.
履歴
登録2015年6月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer / _pdbx_nmr_spectrometer.type
改定 1.32021年10月27日Group: Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample ...database_2 / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl_sample.component / _pdbx_nmr_exptl_sample.isotopic_labeling / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_spectrometer.type
改定 1.42023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor-inducible gene 6 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9471
ポリマ－10,9471
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor-inducible gene 6 protein / Hyaluronate-binding protein / TNF-stimulated gene 6 protein / TSG-6 / Tumor necrosis factor alpha- ...Hyaluronate-binding protein / TNF-stimulated gene 6 protein / TSG-6 / Tumor necrosis factor alpha-induced protein 6 / TNF alpha-induced protein 6


分子量: 10946.578 Da / 分子数: 1 / 断片: Link module of TSG-6, UNP residues 36-133 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFAIP6, TSG6 / プラスミド: pRK172 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P98066

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HNCO
1413D HN(CA)CB
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D 1H-15N NOESY
1713D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 50 mM MES, 0.02 % NaN3, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Link-TSG, 0.6 mM CHONDROITIN 4-SULFATE HEXASACCHARIDE, 90% H2O/10% D2O
Label: sample_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMMESnatural abundance1
0.02 %NaN3natural abundance1
0.5 mMLink-TSG-6[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.6 mMCHONDROITIN 4-SULFATE HEXASACCHARIDEnatural abundance1
試料状態pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002
Varian INOVAVarianINOVA9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.8Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.8Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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