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万見
- PDB-2n3y: NMR structure of the Y48pCMF variant of human cytochrome c in its... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n3y
タイトルNMR structure of the Y48pCMF variant of human cytochrome c in its reduced state
要素Cytochrome c
キーワードELECTRON TRANSPORT / Cytochrome c / hemeprotein / mitochondria / apoptosis / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of apoptosome / apoptosome / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cellular respiration ...Formation of apoptosome / apoptosome / Release of apoptotic factors from the mitochondria / Respiratory electron transport / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cellular respiration / execution phase of apoptosis / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Detoxification of Reactive Oxygen Species / Pyroptosis / : / intrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Metabolic Genes / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / mitochondrial intermembrane space / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mesoheme / Cytochrome c
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Moreno-Beltran, B. / Del Conte, R. / Diaz-Quintana, A. / De la Rosa, M.A. / Turano, P. / Diaz-Moreno, I.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of mitochondrial dysfunction in response to cytochrome c phosphorylation at tyrosine 48.
著者: Moreno-Beltran, B. / Guerra-Castellano, A. / Diaz-Quintana, A. / Del Conte, R. / Garcia-Maurino, S.M. / Diaz-Moreno, S. / Gonzalez-Arzola, K. / Santos-Ocana, C. / Velazquez-Campoy, A. / De la ...著者: Moreno-Beltran, B. / Guerra-Castellano, A. / Diaz-Quintana, A. / Del Conte, R. / Garcia-Maurino, S.M. / Diaz-Moreno, S. / Gonzalez-Arzola, K. / Santos-Ocana, C. / Velazquez-Campoy, A. / De la Rosa, M.A. / Turano, P. / Diaz-Moreno, I.
履歴
登録2015年6月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3032
ポリマ－11,6831
非ポリマー6211
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c


分子量: 11682.618 Da / 分子数: 1 / 変異: Y48pCMFCc / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CYCS, CYC / プラスミド: pCcY48AMBER / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P99999
#2: 化合物 ChemComp-MH0 / Mesoheme


分子量: 620.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H36FeN4O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D 1H-15N NOESY
1322D 1H-15N HSQC
1412D 1H-13C HSQC
1522D 1H-1H NOESY
1613D CBCA(CO)NH
1713D HNCO
1813D HNCA
1913D HN(CO)CA
11013D HBHA(CO)NH
11113D (H)CCH-TOCSY
11232D 1H-1H COSY
11332D 1H-13C HSQC aromatic
11413D HN(CA)CB
11513D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] cytochrome c, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7 mM [U-99% 15N] cytochrome c, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.6 mM cytochrome c, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMcytochrome c-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.7 mMcytochrome c-2[U-99% 15N]2
0.6 mMcytochrome c-33
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9501
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003
Bruker AvanceBrukerAVANCE5004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAKeller and Wuthrichchemical shift calculation
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CARAKeller and Wuthrichpeak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.chemical shift calculation
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: distance geometry, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Molecular dynamics performed in solvent
NMR constraintsNOE constraints total: 2176 / NOE intraresidue total count: 362 / NOE long range total count: 392 / NOE medium range total count: 562 / NOE sequential total count: 769 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 71 / Protein psi angle constraints total count: 71
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 3.79 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.29 Å / Torsion angle constraint violation method: TALOS
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0059 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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