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万見
- PDB-2n1q: HIV-1 Core Packaging Signal -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n1q
タイトルHIV-1 Core Packaging Signal
要素RNA_(155-MER)
キーワードRNA / HIV-1 / Packaging Signal
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model13
データ登録者Keane, S.C. / Summers, M.F.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: RNA structure. Structure of the HIV-1 RNA packaging signal.
著者: Keane, S.C. / Heng, X. / Lu, K. / Kharytonchyk, S. / Ramakrishnan, V. / Carter, G. / Barton, S. / Hosic, A. / Florwick, A. / Santos, J. / Bolden, N.C. / McCowin, S. / Case, D.A. / Johnson, B. ...著者: Keane, S.C. / Heng, X. / Lu, K. / Kharytonchyk, S. / Ramakrishnan, V. / Carter, G. / Barton, S. / Hosic, A. / Florwick, A. / Santos, J. / Bolden, N.C. / McCowin, S. / Case, D.A. / Johnson, B.A. / Salemi, M. / Telesnitsky, A. / Summers, M.F.
履歴
登録2015年4月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月1日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA_(155-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5441
ポリマ－50,5441
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 960structures with the lowest energy
代表モデルモデル #13lowest energy

-
要素

#1: RNA鎖 RNA_(155-MER)


分子量: 50544.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1222D 1H-1H NOESY
1332D 1H-1H NOESY
1442D 1H-1H NOESY
1552D 1H-1H NOESY
1662D 1H-1H NOESY
1772D 1H-1H NOESY
1882D 1H-1H NOESY
1992D 1H-1H NOESY
110102D 1H-1H NOESY
111112D 1H-1H NOESY
112122D 1H-1H NOESY
113132D 1H-1H NOESY
114142D 1H-1H NOESY
115152D 1H-1H NOESY
116162D 1H-1H NOESY
117172D 1H-1H NOESY
118182D 1H-1H NOESY
119192D 1H-1H NOESY
120202D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1300 mM RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
2300 mM A-H, C-D, G-D, U-D RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
3300 mM A-D, C-D, G-H, U-D RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
4300 mM A-D, C-H, G-D, U-D RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
5300 mM A-D, C-D, G-D, U-5D RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
6300 mM A-8D, C-D, G-8D, U-D RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
7300 mM A-8D, C,6-D2, G-D, U-D RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
8300 mM A-8D, C-D, G-D, U,6-D2 RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
9300 mM A-8D, C,6-D2, G-8D, U-D RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
10300 mM A-8D, C-D, G-8D, U,6-D2 RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
11300 mM A-8D, C,6-D2, G-D, U,6-D2 RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
12300 mM A,1',2',3',4',5',5 -D7, C-D, G-D, U,6-D2 RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
13300 mM A,1',2',3',4',5',5 -D7, C-D, G-8D, U,6-D2 RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
14300 mM A-H, C-D, G-1',2',3',4',5',5''-D6 , U-D RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
15300 mM A,1',2',3',4',5',5-D7, C-D, G-H, U-D RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
16300 mM A,1',2',3',4',5',5-D7, C-D, G-D, U-H RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
17300 mM A-D, C-D, G-H, U,6-D2 RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
18300 mM A-D, C-D, G-1',2',3',4',5',5''-D6 , U,6-D2 RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
19300 mM A-D, C-D, G-1',2',3',4',5',5''-D6 , U-5D RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
20300 mM A-D, C-5D, G-1',2',3',4',5',5''-D6 , U-D RNA (155-MER), 20 mM [U-2H] TRIS, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 mMRNA (155-MER)-11
20 mMTRIS-2[U-2H]1
300 mMRNA (155-MER)-3A-H, C-D, G-D, U-D2
20 mMTRIS-4[U-2H]2
300 mMRNA (155-MER)-5A-D, C-D, G-H, U-D3
20 mMTRIS-6[U-2H]3
300 mMRNA (155-MER)-7A-D, C-H, G-D, U-D4
20 mMTRIS-8[U-2H]4
300 mMRNA (155-MER)-9A-D, C-D, G-D, U-5D5
20 mMTRIS-10[U-2H]5
300 mMRNA (155-MER)-11A-8D, C-D, G-8D, U-D6
20 mMTRIS-12[U-2H]6
300 mMRNA (155-MER)-13A-8D, C-5,6-D2, G-D, U-D7
20 mMTRIS-14[U-2H]7
300 mMRNA (155-MER)-15A-8D, C-D, G-D, U-5,6-D28
20 mMTRIS-16[U-2H]8
300 mMRNA (155-MER)-17A-8D, C-5,6-D2, G-8D, U-D9
20 mMTRIS-18[U-2H]9
300 mMRNA (155-MER)-19A-8D, C-D, G-8D, U-5,6-D210
20 mMTRIS-20[U-2H]10
300 mMRNA (155-MER)-21A-8D, C-5,6-D2, G-D, U-5,6-D211
20 mMTRIS-22[U-2H]11
300 mMRNA (155-MER)-23A-8,1',2',3',4',5',5 -D7, C-D, G-D, U-5,6-D212
20 mMTRIS-24[U-2H]12
300 mMRNA (155-MER)-25A-8,1',2',3',4',5',5 -D7, C-D, G-8D, U-5,6-D213
20 mMTRIS-26[U-2H]13
300 mMRNA (155-MER)-27A-H, C-D, G-1',2',3',4',5',5''-D6 , U-D14
20 mMTRIS-28[U-2H]14
300 mMRNA (155-MER)-29A-2,1',2',3',4',5',5-D7, C-D, G-H, U-D15
20 mMTRIS-30[U-2H]15
300 mMRNA (155-MER)-31A-2,1',2',3',4',5',5-D7, C-D, G-D, U-H16
20 mMTRIS-32[U-2H]16
300 mMRNA (155-MER)-33A-D, C-D, G-H, U-5,6-D217
20 mMTRIS-34[U-2H]17
300 mMRNA (155-MER)-35A-D, C-D, G-1',2',3',4',5',5''-D6 , U-5,6-D218
20 mMTRIS-36[U-2H]18
300 mMRNA (155-MER)-37A-D, C-D, G-1',2',3',4',5',5''-D6 , U-5D19
20 mMTRIS-38[U-2H]19
300 mMRNA (155-MER)-39A-D, C-5D, G-1',2',3',4',5',5''-D6 , U-D20
20 mMTRIS-40[U-2H]20
試料状態イオン強度: 20 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANA精密化
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 960 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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