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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2n18 | ||||||
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タイトル | Dominant form of the low-affinity complex of yeast cytochrome c and cytochrome c peroxidase | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / cytochrome c / cytochrome c peroxidase / low affinity complex / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cytochrome-c peroxidase / cardiolipin binding / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : ...Release of apoptotic factors from the mitochondria / Pyroptosis / Respiratory electron transport / Detoxification of Reactive Oxygen Species / cytochrome-c peroxidase / cardiolipin binding / cytochrome-c peroxidase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / : / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / electron transfer activity / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Volkov, A. / Van de Water, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: The low-affinity complex of cytochrome c and its peroxidase. 著者: Van de Water, K. / Sterckx, Y.G. / Volkov, A.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2n18.cif.gz | 2.6 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2n18.ent.gz | 2.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2n18.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/2n18 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/2n18 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33543.188 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 68-361 / 変異: C128A, V197C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CCP1, CCP, CPO, YKR066C / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00431, cytochrome-c peroxidase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 12073.835 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-109 / 変異: A81C, C102T / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / プラスミド: pUCcc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00044 |
#3: タンパク質 | 分子量: 12073.835 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-109 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CYC1, YJR048W, J1653 / プラスミド: pUCcc / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00044 |
#4: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#5: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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NMR実験 | タイプ: 2D 1H-15N HSQC |
-試料調製
詳細 | 内容: 0.4 mM [U-2H; U-15N] CcP, 0.4 mM Cc, 0.4 mM Cc1, 20 mM sodium phosphate, 93% H2O/7% D2O 溶媒系: 93% H2O/7% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 15 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian Uniform NMR System / 製造業者: Varian / モデル: Uniform NMR System / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: AUTHORS STATE THAT CCP (CHAIN A) HAS TWO BINDING SITES FOR CC (CHAINS B AND C). ONE OF THE SITES IS BLOCKED BY PREPARING A COVALENT CCP-CC CROSSLINK (CHAINS A-B), WHILE STUDYING THE BINDING ...詳細: AUTHORS STATE THAT CCP (CHAIN A) HAS TWO BINDING SITES FOR CC (CHAINS B AND C). ONE OF THE SITES IS BLOCKED BY PREPARING A COVALENT CCP-CC CROSSLINK (CHAINS A-B), WHILE STUDYING THE BINDING OF THE SECOND CC MOLECULE (CHAIN C) TO ANOTHER SITE. THE CROSS-LINKING WAS DONE VIA AN ENGINEERED DISULFIDE BETWEEN CCP V197C AND CC A81C GROUPS (I.E. CHAIN A V197C - CHAIN B A81C). IN ADDITION, THE NATIVE CYS RESIDUES OF BOTH CCP AND CC WERE MUTATED OUT (I.E. CHAIN A C128A AND CHAIN B C102T MUTATIONS). THE CROSSLINK STRUCTURE (CHAINS A-B), TAKEN FROM THE PDB ENTRY 1S6V, WAS KEPT FIXED IN THE NMR RESTRAINT-DRIVEN RIGID-BODY DOCKING OF THE SECOND CC MOLECULE (CHAIN C). RIGID-BODY REFINEMENT PROTOCOL IS DESCRIBED IN DETAIL IN THE MAIN CITATION ASSOCIATED WITH THIS ENTRY. | ||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15 |