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万見
- PDB-2n04: Solution Structure of the phosphorylated N-terminal region of Hum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n04
タイトルSolution Structure of the phosphorylated N-terminal region of Human Cysteine String Protein (CSP)
要素DnaJ homolog subfamily C member 5
キーワードCHAPERONE / phosphorylation / DnaJ
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / chromaffin granule membrane / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / regulated exocytosis / ATP-dependent protein binding / regulation of synaptic vesicle cycle / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / azurophil granule membrane / exocytosis / synaptic vesicle exocytosis ...clathrin-sculpted gamma-aminobutyric acid transport vesicle membrane / chromaffin granule membrane / GABA synthesis, release, reuptake and degradation / regulated exocytosis / ATP-dependent protein binding / regulation of synaptic vesicle cycle / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / azurophil granule membrane / exocytosis / synaptic vesicle exocytosis / specific granule membrane / : / neuromuscular junction / synaptic vesicle membrane / melanosome / presynapse / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosomal membrane / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / mitochondrion / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / DnaJ domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Helix Hairpins ...: / DnaJ domain / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / DnaJ domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DnaJ homolog subfamily C member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Patel, P. / Lian, L. / Morgan, A. / Burgoyne, R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Phosphorylation of Cysteine String Protein Triggers a Major Conformational Switch.
著者: Patel, P. / Prescott, G.R. / Burgoyne, R.D. / Lian, L.Y. / Morgan, A.
履歴
登録2015年3月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年8月24日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DnaJ homolog subfamily C member 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9841
ポリマ－11,9841
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DnaJ homolog subfamily C member 5 / Cysteine string protein / CSP


分子量: 11984.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNAJC5, CSP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H3Z4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D HNCA
1513D HN(CO)CA
1613D HN(CA)CB
1713D CBCA(CO)NH
1813D HNCO
1913D HCACO
11013D HBHANH
11113D HBHA(CO)NH
11213D (H)CCH-TOCSY
11313D 1H-15N NOESY
11413D 1H-13C NOESY
11513D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] Phosphorylated DnaJ domain of cysteine-string protein, 20 mM MES, 150 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA, 0.73 nM PKA, 1 mM ATP, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMPhosphorylated DnaJ domain of cysteine-string protein-1[U-13C; U-15N]1
20 mMMES-21
150 mMsodium chloride-31
1 mMDTT-41
10 mMMgCl2-51
0.5 mMEDTA-61
0.00073 uMPKA-71
1 mMATP-81
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CCPN_AnalysisCCPNchemical shift assignment
CCPN_AnalysisCCPNpeak picking
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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