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万見
- PDB-2n01: NMR structure of VirB9 C-terminal domain in complex with VirB7 N-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2n01
タイトルNMR structure of VirB9 C-terminal domain in complex with VirB7 N-terminal domain from Xanthomonas citri's T4SS
要素
  • VirB7 protein
  • VirB9 protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT/PROTEIN TRANSPORT / T4SS / lipoprotein / protein-peptide complex / VirB9 / VirB7 / PROTEIN TRANSPORT-PROTEIN TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin-like - #2500 / Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein Q, C-terminal / Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein Q / Conjugal transfer, TrbG/VirB9/CagX / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal / VirB9/CagX/TrbG, C-terminal domain superfamily / Conjugal transfer protein / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein Q C-terminal domain-containing protein / VirB9 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, water refinement in cartesian space
データ登録者Oliveira, L.C. / Souza, D.P. / Salinas, R.K. / Wienk, H. / Boelens, R. / Farah, S.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: VirB7 and VirB9 Interactions Are Required for the Assembly and Antibacterial Activity of a Type IV Secretion System.
著者: Oliveira, L.C. / Souza, D.P. / Oka, G.U. / Lima, F.D. / Oliveira, R.J. / Favaro, D.C. / Wienk, H. / Boelens, R. / Farah, C.S. / Salinas, R.K.
履歴
登録2015年3月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Database references
改定 1.22016年10月19日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VirB7 protein
B: VirB9 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1372
ポリマ－15,1372
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area8780 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド VirB7 protein


分子量: 2665.913 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 24-46) / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
参照: UniProt: Q8PJB3
#2: タンパク質 VirB9 protein


分子量: 12471.122 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain (UNP residues 154-255) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: virB9, XAC2620, XAC2622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8PJB5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-13C HSQC aliphatic
1412D 1H-13C HSQC aromatic
1512D 1H-1H NOESY
1613D CBCA(CO)NH
1713D C(CO)NH
1813D HNCO
1913D HNCA
11013D H(CCO)NH
11113D (H)CCH-TOCSY
11213D 1H-13C NOESY aliphatic
11313D 1H-13C NOESY aromatic
11413D CCH TOCSY
11513D HN(CA)CB
11613D 15N, 13C CNH-NOESY
11712D 13C15N filtered NOE
11812D 13C,15N filtered TOCSY
11913D (HB)CB(CGCD)HD
12013D 15N-edited NOESY
12113D 13C-edited NOESY
12213D HN(CO)CA
12313D HN(CA)CO
12413D (HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細内容: 0.500 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Xac_VirB9CT, 1 mM Xac_VirB7NT, 20 mM [U-100% 2H] sodium acetate, 50 mM sodium chloride, 1 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMXac_VirB9CT-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1 mMXac_VirB7NT-21
20 mMsodium acetate-3[U-100% 2H]1
50 mMsodium chloride-41
1 %sodium azide-51
試料状態イオン強度: 0.07 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker Avance IIIBrukerAVANCE III8001
Bruker Avance IIIBrukerAVANCE III9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr Analysis2.4.1CCPNデータ解析
精密化手法: simulated annealing, water refinement in cartesian space
ソフトェア番号: 1
詳細: RECALCULATION USING RECOORD SCRIPTS, WATER REFINEMENT USING RECOORD SCRIPTS
NMR constraintsNOE constraints total: 2216 / NOE intraresidue total count: 535 / NOE long range total count: 767 / NOE medium range total count: 239 / NOE sequential total count: 675 / Hydrogen bond constraints total count: 78 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 70 / Protein psi angle constraints total count: 70
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.285 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0143283 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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