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万見
- PDB-2mzw: Staphylococcus aureus FusB:EF-GC3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mzw
タイトルStaphylococcus aureus FusB:EF-GC3 complex
要素
  • Elongation factor G
  • Far1
キーワードTRANSLATION/ANTIBIOTIC RESISTANCE / antibiotic resistance / METAL BINDING PROTEIN / TRANSLATION-ANTIBIOTIC RESISTANCE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase - #250 / Elongation factor G-binding protein, N-terminal / Elongation factor G-binding protein, C-terminal treble-clef zinc-finger / EF-G binding protein, N-terminal domain superfamily / Elongation factor G-binding protein, N-terminal / FBP C-terminal treble-clef zinc-finger / Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3 / Alpha-Beta Plaits - #240 / Translation elongation factor EFG/EF2 / : ...Monooxygenase - #250 / Elongation factor G-binding protein, N-terminal / Elongation factor G-binding protein, C-terminal treble-clef zinc-finger / EF-G binding protein, N-terminal domain superfamily / Elongation factor G-binding protein, N-terminal / FBP C-terminal treble-clef zinc-finger / Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3 / Alpha-Beta Plaits - #240 / Translation elongation factor EFG/EF2 / : / Elongation factor G, domain III / EFG, domain V / Monooxygenase / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongation factor G / Far1 / Elongation factor G
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Tomlinson, J.H. / Thompson, G.S. / Kalverda, A.P. / Zhuravleva, A. / O'Neill, A.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: A target-protection mechanism of antibiotic resistance at atomic resolution: insights into FusB-type fusidic acid resistance.
著者: Tomlinson, J.H. / Thompson, G.S. / Kalverda, A.P. / Zhuravleva, A. / O'Neill, A.J.
履歴
登録2015年2月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_exptl ...database_2 / pdbx_nmr_exptl / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor G
B: Far1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,8923
ポリマ－60,8262
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-6.2 kcal/mol
Surface area28490 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Elongation factor G / EF-G


分子量: 33472.766 Da / 分子数: 1 / 断片: Domains III-V, residues 401-692 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: CH51_02860, CH52_03020, DA92_03395, DP18_1097, EX97_02750, fusA, SAU060112_10722, SAXN108_0601, X998_0588
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: W8UT26, UniProt: Q2G0N1*PLUS
#2: タンパク質 Far1 / FusB / FusB protein / Fusidic acid resistance


分子量: 27353.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: far1, fusB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold / 参照: UniProt: Q8GNY5
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: A structural model of the complex between the fusidic acid resistance protein FusB and a truncated form of EF-G. This model was produced using NMR data to dock X-ray structures.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC/HMQC
1232D 1H-15N TROSY-HSQC
1342D 1H-15N TROSY-HSQC
1452D 1H-15N TROSY-HSQC
1513D HNCA
1613D HN(CO)CA
1772D 1H-15N HSQC/HMQC
1882D 1H-15N HSQC/HMQC
1992D 1H-15N HSQC/HMQC
110102D 1H-15N HSQC/HMQC
111112D 1H-15N HSQC/HMQC
11222D 1H-15N HSQC (ARTSY)
11352D 1H-15N HSQC (ARTSY)
114182D 1H-15N HSQC (ARTSY)
115133D TROSY-HNCO
116133D TROSY-HNCA
117133D TROSY-HN(CO)CA
118143D TROSY-HNCO
119143D TROSY-HNCA
120143D TROSY-HN(CO)CA
121153D TROSY-HNCO
122153D TROSY-HNCA
123153D TROSY-HN(CO)CA
124163D TROSY-HNCO
125163D TROSY-HNCA
126163D TROSY-HN(CO)CA
127173D TROSY-HNCO
128173D TROSY-HNCA
129173D TROSY-HN(CO)CA
130162D 1H-15N HSQC 1H R1 relaxation series (saturation recovery)

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.250 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; partial 2H (grown in D2O with 1H glucose)] EF-GC3, 0.375 mM FusB, 20 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2Osample190% H2O/10% D2O
solution20.250 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; partial 2H (grown in D2O with 1H glucose)] EF-GC3, 0.375 mM FusB, 20 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 6 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2Osample290% H2O/10% D2O
solution30.250 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; partial 2H (grown in D2O with 1H glucose)] EF-GC3, 0.375 mM FusB R19C mutant tagged with MTSL, 20 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2Osample390% H2O/10% D2O
solution40.250 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; partial 2H (grown in D2O with 1H glucose)] EF-GC3, 0.375 mM FusB T26C mutant tagged with MTSL, 20 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2Osample490% H2O/10% D2O
solution50.250 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; partial 2H (grown in D2O with 1H glucose)] EF-GC3, 0.375 mM FusB N150C mutant tagged with MTSL, 20 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 6 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2Osample590% H2O/10% D2O
solution60.250 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; partial 2H (grown in D2O with 1H carbon source)] EF-GC3, 0.375 mM FusB, 20 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 0-1 (titration: 0.25 mM steps) mM Gd-DPTA-BMA, 90% H2O/10% D2Osample690% H2O/10% D2O
solution70.30 mM [U-100% 15N, partial 2H (grown in D2O with 1H carbon source), 100 % natural abundance lysine ] EF-GC3, 0.45 mM FusB, 20 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2Osample790% H2O/10% D2O
solution80.30 mM [U-100% 15N, partial 2H (grown in D2O with 1H carbon source), 100 % natural abundance valine ] EF-GC3, 0.45 mM FusB, 20 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2Osample890% H2O/10% D2O
solution90.30 mM [U-100% 15N, partial 2H (grown in D2O with 1H carbon source), 100 % natural abundance phenylalanine ] EF-GC3, 0.45 mM FusB, 20 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2Osample990% H2O/10% D2O
solution100.30 mM [U-100% 15N, partial 2H (grown in D2O with 1H carbon source), 100 % natural abundance alanine ] EF-GC3, 0.45 mM FusB, 20 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2Osample1090% H2O/10% D2O
solution110.30 mM [U-100% 15N, partial 2H (grown in D2O with 1H carbon source), 100 % natural abundance asparagine ] EF-GC3, 0.45 mM FusB, 20 mM TRIS, 300 mM sodium chloride, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2Osample1190% H2O/10% D2O
solution120.3 mM FusB [U-100% 15N, partial 2H], 0.45 mM EF-GC3, 20 mM TrisHCl, 300 mM NaCl, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2Osample1290% H2O/10% D2O
solution130.3 mM FusB [U-100% 15N, partial 2H, 100% natural abundance lysine], 0.45 mM EF-GC3, 20 mM TrisHCl, 300 mM NaCl, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2Osample1390% H2O/10% D2O
solution140.3 mM FusB [U-100% 15N, partial 2H, 100% natural abundance leucine], 0.45 mM EF-GC3, 20 mM TrisHCl, 300 mM NaCl, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2Osample1490% H2O/10% D2O
solution150.3 mM FusB [U-100% 15N, partial 2H, 100% natural abundance phenylalanine], 0.45 mM EF-GC3, 20 mM TrisHCl, 300 mM NaCl, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2Osample1590% H2O/10% D2O
solution160.3 mM FusB [U-100% 15N, partial 2H, 100% natural abundance valine], 0.45 mM EF-GC3, 20 mM TrisHCl, 300 mM NaCl, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2Osample1690% H2O/10% D2O
solution170.3 mM FusB [U-100% 15N, partial 2H, 100% natural abundance asparagine], 0.45 mM EF-GC3, 20 mM TrisHCl, 300 mM NaCl, 5 mM DTT, 90% H2O/10% D2Osample1790% H2O/10% D2O
solution180.3 mM FusB [U-100% 15N, partial 2H], 0.45 mM EF-GC3, 20 mM TrisHCl, 300 mM NaCl, 5 mM DTT, 6mg/ml Pf1 phage, 90% H2O/10% D2Osample1890% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
0.250 mMEF-GC3[U-100% 13C; U-100% 15N; partial 2H (grown in D2O with 1H glucose)]1
0.375 mMFusBnatural abundance1
20 mMTRISnatural abundance1
300 mMsodium chloridenatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
0.250 mMEF-GC3[U-100% 13C; U-100% 15N; partial 2H (grown in D2O with 1H glucose)]2
0.375 mMFusBnatural abundance2
20 mMTRISnatural abundance2
300 mMsodium chloridenatural abundance2
5 mMDTTnatural abundance2
6 mg/mLPf1 phagenatural abundance2
0.250 mMEF-GC3[U-100% 13C; U-100% 15N; partial 2H (grown in D2O with 1H glucose)]3
0.375 mMFusB R19C mutant tagged with MTSLnatural abundance3
20 mMTRISnatural abundance3
300 mMsodium chloridenatural abundance3
0.250 mMEF-GC3[U-100% 13C; U-100% 15N; partial 2H (grown in D2O with 1H glucose)]4
0.375 mMFusB T26C mutant tagged with MTSLnatural abundance4
20 mMTRISnatural abundance4
300 mMsodium chloridenatural abundance4
0.250 mMEF-GC3[U-100% 13C; U-100% 15N; partial 2H (grown in D2O with 1H glucose)]5
0.375 mMFusB N150C mutant tagged with MTSLnatural abundance5
20 mMTRISnatural abundance5
300 mMsodium chloridenatural abundance5
5 mMDTTnatural abundance5
6 mg/mLPf1 phage5
0.250 mMEF-GC3[U-100% 13C; U-100% 15N; partial 2H (grown in D2O with 1H carbon source)]6
0.375 mMFusBnatural abundance6
20 mMTRISnatural abundance6
300 mMsodium chloridenatural abundance6
mMGd-DPTA-BMAnatural abundance0-16
0.30 mMEF-GC3[U-100% 15N, partial 2H (grown in D2O with 1H carbon source), 100 % natural abundance lysine ]7
0.45 mMFusBnatural abundance7
20 mMTRISnatural abundance7
300 mMsodium chloridenatural abundance7
5 mMDTTnatural abundance7
0.30 mMEF-GC3[U-100% 15N, partial 2H (grown in D2O with 1H carbon source), 100 % natural abundance valine ]8
0.45 mMFusBnatural abundance8
20 mMTRISnatural abundance8
300 mMsodium chloridenatural abundance8
5 mMDTTnatural abundance8
0.30 mMEF-GC3[U-100% 15N, partial 2H (grown in D2O with 1H carbon source), 100 % natural abundance phenylalanine ]9
0.45 mMFusBnatural abundance9
20 mMTRISnatural abundance9
300 mMsodium chloridenatural abundance9
5 mMDTTnatural abundance9
0.30 mMEF-GC3[U-100% 15N, partial 2H (grown in D2O with 1H carbon source), 100 % natural abundance alanine ]10
0.45 mMFusBnatural abundance10
20 mMTRISnatural abundance10
300 mMsodium chloridenatural abundance10
5 mMDTTnatural abundance10
0.30 mMEF-GC3[U-100% 15N, partial 2H (grown in D2O with 1H carbon source), 100 % natural abundance asparagine ]11
0.45 mMFusBnatural abundance11
20 mMTRISnatural abundance11
300 mMsodium chloridenatural abundance11
5 mMDTTnatural abundance11
0.30 mMFusBFusB[U-100% 15N, partial 2H]12
0.45 mMEF-GC3natural abundance12
20 mMTrisHClnatural abundance12
300 mMsodium chloridenatural abundance12
5 mMDTTnatural abundance12
0.30 mMFusB[U-100% 15N, partial 2H, 100% natural abundance lysine]13
0.45 mMEF-GC3natural abundance13
20 mMTrisHClnatural abundance13
300 mMsodium chloridenatural abundance13
5 mMDTTnatural abundance13
0.30 mMFusB[U-100% 15N, partial 2H, 100% natural abundance leucine]14
0.45 mMEF-GC3natural abundance14
20 mMTrisHClnatural abundance14
300 mMsodium chloridenatural abundance14
5 mMDTTnatural abundance14
0.30 mMFusB[U-100% 15N, partial 2H, 100% natural abundance phenylalanine]15
0.45 mMEF-GC3natural abundance15
20 mMTrisHClnatural abundance15
300 mMsodium chloridenatural abundance15
5 mMDTTnatural abundance15
0.30 mMFusB[U-100% 15N, partial 2H, 100% natural abundance valine]16
0.45 mMEF-GC3natural abundance16
20 mMTrisHClnatural abundance16
300 mMsodium chloridenatural abundance16
5 mMDTTnatural abundance16
0.30 mMFusB[U-100% 15N, partial 2H, 100% natural abundance asparagine]17
0.45 mMEF-GC3natural abundance17
20 mMTrisHClnatural abundance17
300 mMsodium chloridenatural abundance17
5 mMDTTnatural abundance17
0.30 mMFusB[U-100% 15N, partial 2H]18
0.45 mMEF-GC3natural abundance18
20 mMTrisHClnatural abundance18
300 mMsodium chloridenatural abundance18
5 mMDTTnatural abundance18
6 mg/mLPf1 phagenatural abundance18
試料状態イオン強度: 0.3 / pH: 8 / 圧: 1.000 atm / 温度: 298.150 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian InovaVarianINOVA7501
Agilent InovaAgilentINOVA6002
Varian InovaVarianINOVA9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.1CCPNchemical shift assignment
CcpNmr Analysis2.1CCPN解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift assignment
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView7.9Johnson, One Moon Scientific解析
NMRView7.9Johnson, One Moon Scientificデータ解析
X-PLOR NIH2.33.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.33.0Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
HADDOCK2.1Alexandre Bonvin構造決定
HADDOCK2.1Alexandre Bonvindocking based on nmr restraints
HADDOCK2.1Alexandre Bonvin精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 8
詳細: Reorientation of helices in domain IV and domain reorientation as rigid bodies refined to RDCs and solvent PREs, Semi-rigid docking of structures driven by RDCs, ambiguous distance restraints ...詳細: Reorientation of helices in domain IV and domain reorientation as rigid bodies refined to RDCs and solvent PREs, Semi-rigid docking of structures driven by RDCs, ambiguous distance restraints from chemical shift perturbations and distance restraints based on PREs.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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