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万見
- PDB-2mz0: Solution NMR Structure of PDFL2.1 from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mz0
タイトルSolution NMR Structure of PDFL2.1 from Arabidopsis thaliana
要素Defensin-like protein 32
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / CSAlphaBeta motif / defensin
機能・相同性Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / defense response to fungus / killing of cells of another organism / 2-Layer Sandwich / extracellular region / Alpha Beta / Defensin-like protein 32
機能・相同性情報
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Omidvar, R. / Bohlmann, H. / Xia, Y. / Veglia, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of PDFL2.1 from Arabidopsis thaliana
著者: Omidvar, R. / Bohlmann, H. / Xia, Y. / Veglia, G.
履歴
登録2015年2月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Defensin-like protein 32


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,1521
ポリマ－6,1521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Defensin-like protein 32


分子量: 6152.233 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-81 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g35537, F15O4 / プラスミド: pETtrx_1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2V4I8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D H(CCO)NH
1713D C(CO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY
11013D HNHA

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-13C; U-15N] protein, 0.04 mM potassium chloride, 0.02 mM potassium phosphate, 1 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMprotein-1[U-13C; U-15N]1
0.04 mMpotassium chloride-21
0.02 mMpotassium phosphate-31
1 mMsodium azide-41
試料状態イオン強度: 0.16 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8501
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.37Schwieters, C. et al.構造決定
NMRPipe7.5Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.113Goddardpeak picking
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
TALOS3.80F1Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
TopSpin3.1Bruker Biospincollection
X-PLOR NIH2.37Schwieters, C. et al.精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1431 / NOE intraresidue total count: 183 / NOE long range total count: 404 / NOE medium range total count: 331 / NOE sequential total count: 513 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 37 / Protein psi angle constraints total count: 37
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum upper distance constraint violation: 0.66 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.04 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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