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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2myy | ||||||
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タイトル | Solution structure of an MbtH-like protein from Mycobacterium marinum, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease target MymaA.01649.c | ||||||
要素 | Conserved hypothetical MbtH-like protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / infectious diseases / tuberculosis / siderophore assembly / mycobactin / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Rubredoxin-like / Structural Genomics, Unknown Function 30-nov-00 1gh9 Mol_id / MbtH-like protein / MbtH-like domain / MbtH-like domain superfamily / MbtH-like protein / MbtH-like protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Mycobacterium marinum M (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
Model details | closest to the average, model1 | ||||||
データ登録者 | Buchko, G.W. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of an MbtH-like protein from Mycobacterium marinum, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease target MymaA.01649.c 著者: Buchko, G.W. / Hewitt, S.N. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2myy.cif.gz | 535.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2myy.ent.gz | 453.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2myy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2myy_validation.pdf.gz | 535.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2myy_full_validation.pdf.gz | 837.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2myy_validation.xml.gz | 75 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2myy_validation.cif.gz | 66.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/2myy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/2myy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9011.968 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium marinum M (バクテリア) 株: BAA-535 / 遺伝子: B2HHJ4, MMAR_3265 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-R3-pRARE2 / 参照: UniProt: B2HHJ4 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.12 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION ...詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION WERE TAKEN AND REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNS) AFTER ADDING 0% TO THE UPPER BOUNDARY LIMIT OF THE DISTANCE RESTRAINTS AND THE VDW LIMIT TO THE LOWER RESTRAINT. PARAM19 WAS USED FOR THE WATER REFINEMENT CALCULATIONS. | ||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 824 / Hydrogen bond constraints total count: 30 / Protein phi angle constraints total count: 43 / Protein psi angle constraints total count: 43 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |