PDB-2myv: Solution structure of M. oryzae protein AVR1-CO39

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2myv

タイトル

Solution structure of M. oryzae protein AVR1-CO39

要素

Uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION

機能・相同性

Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Magnaporthe grisea (菌類)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

de Guillen, K. / Kroj, T.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: Structure Analysis Uncovers a Highly Diverse but Structurally Conserved Effector Family in Phytopathogenic Fungi.
著者: de Guillen, K. / Ortiz-Vallejo, D. / Gracy, J. / Fournier, E. / Kroj, T. / Padilla, A.

履歴

登録	2015年1月30日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2myv.cif.gz	480.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2myv.ent.gz	402.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2myv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/2myv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/2myv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2mywC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vbz-1 1o3w-d 3ux7-5 2bd1-1 5h0z-d 2kld-d 3ux7-8 1fe5-d 4cqk-5 2o1n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25459

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 11243.166 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 22-89 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Magnaporthe grisea (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q8J180

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	2	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-15N HSQC
1	3	1	2D 1H-13C HSQC
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D HNCA
1	6	1	3D HN(COCA)CB
1	7	1	3D 1H-15N NOESY
1	8	1	3D 1H-15N TOCSY
1	9	4	2D 1H-1H NOESY
1	10	3	2D 1H-1H NOESY
1	11	4	2D 1H-1H TOCSY
1	12	4	2D DQF-COSY
1	13	1	3D HN(CA)CB
1	14	1	3D HN(CO)CA

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1 mM [U-13C; U-15N] AVR1-CO39, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	1 mM [U-15N] AVR1-CO39, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
3	1 mM AVR1-CO39, 100% D2O	100% D2O
4	1 mM AVR1-CO39, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	AVR1-CO39-1	[U-13C; U-15N]	1
1 mM	AVR1-CO39-2	[U-15N]	2
1 mM	AVR1-CO39-3		3
1 mM	AVR1-CO39-4		4

試料状態

イオン強度: 0.15 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 305 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	2.1	Bruker Biospin	collection
TopSpin	2.1	Bruker Biospin	解析
CCPN		CCPN	データ解析
CCPN		CCPN	peak picking
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
TALOS+	1.2	Cornilescu, Delaglio and Bax	データ解析
CNS	1.2	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 1286 / NOE long range total count: 384 / NOE medium range total count: 157 / Hydrogen bond constraints total count: 30

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 4 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.3 Å

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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