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- PDB-2myo: SOLUTION STRUCTURE OF MYOTROPHIN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2myo
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF MYOTROPHIN, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素MYOTROPHIN
キーワードANK-REPEAT / MYOTROPHIN / ACETYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of macromolecule biosynthetic process / regulation of barbed-end actin filament capping / cerebellar granule cell differentiation / F-actin capping protein complex / catecholamine metabolic process / skeletal muscle tissue regeneration / regulation of cell size / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / striated muscle cell differentiation / positive regulation of protein metabolic process ...positive regulation of macromolecule biosynthetic process / regulation of barbed-end actin filament capping / cerebellar granule cell differentiation / F-actin capping protein complex / catecholamine metabolic process / skeletal muscle tissue regeneration / regulation of cell size / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / striated muscle cell differentiation / positive regulation of protein metabolic process / neuron differentiation / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / positive regulation of cell growth / sequence-specific DNA binding / axon / perinuclear region of cytoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Yang, Y. / Nanduri, S. / Sen, S. / Qin, J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: The structural basis of ankyrin-like repeat function as revealed by the solution structure of myotrophin.
著者: Yang, Y. / Nanduri, S. / Sen, S. / Qin, J.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1997
タイトル: Nuclear Magnetic Resonance Assignment and Secondary Structure of an Ankyrin-Like Repeat-Bearing Protein: Myotrophin
著者: Yang, Y. / Rao, N.S. / Walker, E. / Sen, S. / Qin, J.
履歴
登録1998年8月17日処理サイト: BNL
改定 1.01999年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月16日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MYOTROPHIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8791
ポリマ－12,8791
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 90RESTRAINT VIOLATION
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 MYOTROPHIN


分子量: 12878.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 器官: HEART / 参照: UniProt: P62775

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D- AND 4D-NOESY
1213D-TOCSY
131HN(CA)CB
141HNHA
151C(CO)NH
161H(CCO)NH
171(H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: H2O
試料状態イオン強度: 50 mM PHOSPHATE BUFFER / pH: 6.2 / 圧: 1 atm / 温度: 297 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA600 / 製造業者: Varian / モデル: INOVA600 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
NMR software
名称分類
XPLOR構造決定
XPLOR精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: RESTRAINT VIOLATION / 計算したコンフォーマーの数: 90 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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