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万見
- PDB-2my9: Solution structure of N-terminal domain of human TIG3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2my9
タイトルSolution structure of N-terminal domain of human TIG3
要素Retinoic acid receptor responder protein 3
キーワードHYDROLASE / TIG3 / H-REV107 family / NlpC/P60 / phospholipase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / phosphatidylethanolamine acyl-chain remodeling / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / phospholipase A1 / Acyl chain remodelling of PE / glycerophospholipid phospholipase A1 activity / : / A2-type glycerophospholipase activity / positive regulation of keratinocyte differentiation / phospholipase A2 ...positive regulation of protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / phosphatidylethanolamine acyl-chain remodeling / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / phospholipase A1 / Acyl chain remodelling of PE / glycerophospholipid phospholipase A1 activity / : / A2-type glycerophospholipase activity / positive regulation of keratinocyte differentiation / phospholipase A2 / acyltransferase activity / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / negative regulation of cell population proliferation / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Lecithin retinol acyltransferase / LRAT domain / LRAT domain profile. / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipase A and acyltransferase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Wei, H. / Wang, L. / Xia, B.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015
タイトル: Structural and functional characterization of tumor suppressors TIG3 and H-REV107.
著者: Wei, H. / Wang, L. / Ren, X. / Yu, W. / Lin, J. / Jin, C. / Xia, B.
履歴
登録2015年1月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor responder protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0511
ポリマ－14,0511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor responder protein 3 / HRAS-like suppressor 4 / HRSL4 / RAR-responsive protein TIG3 / Retinoid-inducible gene 1 protein / ...HRAS-like suppressor 4 / HRSL4 / RAR-responsive protein TIG3 / Retinoid-inducible gene 1 protein / Tazarotene-induced gene 3 protein


分子量: 14050.886 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP residues 1-125) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RARRES3, RIG1, TIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: Q9UL19, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D HBHA(CO)NH
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
1913D (H)CCH-COSY

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] TIG3N, 0.03% DSS, 20 mM DTT, 50 mM sodium chloride, 50 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMTIG3N-1[U-13C; U-15N]1
3 %DSS-21
20 mMDTT-31
50 mMsodium chloride-41
50 mMpotassium chloride-51
試料状態イオン強度: 100 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
DYANA3Guntert, Braun and Wuthrich構造決定
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView5Johnson, One Moon Scientificデータ解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
SANEDuggan, Legge, Dyson & Wrightchemical shift assignment
TopSpin3Bruker Biospincollection
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 3510 / NOE intraresidue total count: 1360 / NOE long range total count: 532 / NOE medium range total count: 281 / NOE sequential total count: 586 / Hydrogen bond constraints total count: 6 / Protein other angle constraints total count: 439 / Protein phi angle constraints total count: 63 / Protein psi angle constraints total count: 62
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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