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- PDB-2mxd: Solution structure of VPg of porcine sapovirus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mxd
タイトルSolution structure of VPg of porcine sapovirus
要素Viral protein genome-linked
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral protein genome-linked / Porcine sapovirus
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / host cell cytoplasm / DNA replication / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication ...calicivirin / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / host cell cytoplasm / DNA replication / RNA helicase activity / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #110 / : / Viral genome-linked protein / Peptidase C24, Calicivirus polyprotein Orf1 / 2C endopeptidase (C24) cysteine protease family / Caliciviridae (CV) 3C-like protein profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) ...434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #110 / : / Viral genome-linked protein / Peptidase C24, Calicivirus polyprotein Orf1 / 2C endopeptidase (C24) cysteine protease family / Caliciviridae (CV) 3C-like protein profile. / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine enteric sapovirus (ウイルス)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Kim, J. / Hwang, H. / Min, H. / Yun, H. / Cho, K. / Pelton, J.G. / Wemmer, D.E. / Lee, C.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2015
タイトル: Solution structure of the porcine sapovirus VPg core reveals a stable three-helical bundle with a conserved surface patch.
著者: Hwang, H.J. / Min, H.J. / Yun, H. / Pelton, J.G. / Wemmer, D.E. / Cho, K.O. / Kim, J.S. / Lee, C.W.
履歴
登録2014年12月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Viral protein genome-linked


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3821
ポリマ－7,3821
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Viral protein genome-linked / VPg


分子量: 7382.227 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 948-1006 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine enteric sapovirus (ウイルス)
遺伝子: ORF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QEJ5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D (H)CCH-COSY
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-15N TOCSY
11013D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 10 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMentity-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 mMpotassium phosphate-21
試料状態イオン強度: 10 / pH: 6.2 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: X-PLOR NIH / 開発者: Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore / 分類: 精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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