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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2mx7 | ||||||
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タイトル | Solution structure of the internal EH domain of gamma-synergin | ||||||
要素 | Synergin gamma | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / EH domain / EF hand / NPF repeat | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 clathrin coat of trans-Golgi network vesicle / AP-1 adaptor complex / intracellular protein transport / endocytosis / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Kovermann, M. / Weininger, U. / Loew, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Solution structure of the internal EH domain of gamma-synergin 著者: Kovermann, M. / Weininger, U. / Loew, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2mx7.cif.gz | 343.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2mx7.ent.gz | 283.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2mx7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2mx7_validation.pdf.gz | 406.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2mx7_full_validation.pdf.gz | 478.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2mx7_validation.xml.gz | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2mx7_validation.cif.gz | 36.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/2mx7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/2mx7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12294.267 Da / 分子数: 1 / 断片: internal EH domain (UNP residues 279-388) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYNRG, AP1GBP1, SYNG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UMZ2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 20 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 2 mM calcium chloride, 95% H2O/5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | |||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 1575 / Protein phi angle constraints total count: 93 / Protein psi angle constraints total count: 92 | |||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |