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- PDB-2mx1: Structure of the E. coli Threonylcarbamoyl-AMP Synthase TSAC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mx1
タイトルStructure of the E. coli Threonylcarbamoyl-AMP Synthase TSAC
要素Threonylcarbamoyl-AMP synthase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonylcarbamoyladenylate synthase / L-threonylcarbamoyladenylate synthase / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / regulation of translational fidelity / nucleotidyltransferase activity / rRNA processing / double-stranded RNA binding / tRNA binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Threonylcarbamoyl-AMP synthase / : / Threonylcarbamoyl-AMP synthase-like domain / Telomere recombination / YrdC-like domain profile. / DHBP synthase / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / DHBP synthase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Threonylcarbamoyl-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Harris, K.A. / Bobay, B.G. / Sarachan, K.L. / Sims, A.F. / Bilbille, Y. / Deutsch, C. / Iwata-Reuyl, D. / Agris, P.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: NMR-based Structural Analysis of Threonylcarbamoyl-AMP Synthase and Its Substrate Interactions.
著者: Harris, K.A. / Bobay, B.G. / Sarachan, K.L. / Sims, A.F. / Bilbille, Y. / Deutsch, C. / Iwata-Reuyl, D. / Agris, P.F.
履歴
登録2014年12月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22015年9月2日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Threonylcarbamoyl-AMP synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6551
ポリマ－20,6551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Threonylcarbamoyl-AMP synthase / TC-AMP synthase / L-threonylcarbamoyladenylate synthase / Ribosome maturation factor TsaC / t(6)A37 ...TC-AMP synthase / L-threonylcarbamoyladenylate synthase / Ribosome maturation factor TsaC / t(6)A37 threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaC / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaC


分子量: 20655.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3282, JW3243, rimN, tsaC, yrdC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P45748, L-threonylcarbamoyladenylate synthase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HN(CO)CA
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D HNCO
1713D H(CCO)NH
1813D C(CO)NH
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY
11113D 15N TOCSY-HSQC
11221H-15N HSQC-IPAP
11311H-15N TROSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Recombinant TSAC protein, 10 % [U-100% 2H] D2O, 20 mM potassium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Recombinant TSAC protein, 10 % [U-100% 2H] D2O, 20 mM potassium phosphate, 100 mM sodium chloride, 12 mg/mL Pf1 bacteriophage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMRecombinant Yrdc protein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 %D2O-2[U-100% 2H]1
20 mMpotassium phosphate-31
100 mMsodium chloride-41
1 mMRecombinant Yrdc protein-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 %D2O-6[U-100% 2H]2
20 mMpotassium phosphate-72
100 mMsodium chloride-82
12 mg/mLPf1 bacteriophage-92
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian InovaVarianINOVA6001
Bruker Avance IIBrukerAVANCE II7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 1869 / Hydrogen bond constraints total count: 99
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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