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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2mwm
タイトル
NMR structure of the protein YP_193882.1 from Lactobacillus acidophilus NCFM in presence of FMN
要素
Putative trp repressor binding protein
キーワード
FLAVOPROTEIN / human gut microbiome secreted protein / Flavodoxin 4 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG
機能・相同性
機能・相同性情報
oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / FMN binding / electron transfer activity 類似検索 - 分子機能
内容: 1.2 mM [U-99% 13C; U-98% 15N] protein, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Isotopic labeling
Solution-ID
1.2mM
entity-1
[U-99% 13C; U-98% 15N]
1
20mM
sodium phosphate-2
1
50mM
sodium chloride-3
1
5mM
sodium azide-4
1
試料状態
イオン強度: 0.0798 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ
製造業者
モデル
磁場強度 (MHz)
Spectrometer-ID
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
600
1
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
800
2
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
CYANA
3
Herrmann, GuntertandWuthrich
精密化
CYANA
3
Herrmann, GuntertandWuthrich
peakpicking
CYANA
3
Herrmann, GuntertandWuthrich
chemicalshiftassignment
CYANA
3
Herrmann, GuntertandWuthrich
構造決定
TopSpin
3.1
BrukerBiospin
collection
TopSpin
3.1
BrukerBiospin
解析
PROSA
Guntert
解析
OPAL
Luginbuhl, Guntert, BilleterandWuthrich
geometryoptimization
CARA
KellerandWuthrich
chemicalshiftassignment
精密化
手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraints
NOE constraints total: 2471 / NOE intraresidue total count: 646 / NOE long range total count: 661 / NOE medium range total count: 455 / NOE sequential total count: 709
代表構造
選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20