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万見
- PDB-2mw7: Solution NMR structure of a novel cysteine framework containing C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mw7
タイトルSolution NMR structure of a novel cysteine framework containing Conus peptide Mo3964
要素Mo3964
キーワードTOXIN / Conotoxin / Neuronal Ion-Channel Modulator / Animal toxins / Marine cone snails / Conus monile / M-superfamily / Neuronal voltage-gated ion-channel modulator / Disulfide bond connectivity / Heteronuclear solution NMR spectroscopy / Side-chain dihedral angles / Hydrogen bonds / Peptide conformation / Peptide scaffolds
機能・相同性sodium channel regulator activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region / Delta/kappa-conotoxin Mo3964
機能・相同性情報
生物種Conus monile (無脊椎動物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Sarma, S.P. / Kancherla, A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: A Disulfide Stabilized beta-Sandwich Defines the Structure of a New Cysteine Framework M-Superfamily Conotoxin
著者: Kancherla, A.K. / Meesala, S. / Jorwal, P. / Palanisamy, R. / Sikdar, S.K. / Sarma, S.P.
履歴
登録2014年10月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Structure summary
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mo3964


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9741
ポリマ－3,9741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Mo3964


分子量: 3974.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus monile (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0R4I952*PLUS
Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D HNCO
1513D HN(CA)CO
1613D C(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D 1H-15N TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D (H)CCH-COSY
11132D 1H-13C HSQC aromatic
11213D HNHA
11333D HCACO
11433D 1H-13C NOESY
11532D 1H-13C HSQC aliphatic
11622D 1H-15N HSQC
11742D 1H-15N HSQC
11823D HNHB
11913D HN(CO)HB
12013D HNCO LRA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 - 1.0 mM [U-13C; U-15N] Mo3964-1, 0.02 % sodium azide-2, 50 mM [U-100% 2H] sodium acetate-3, 90 % H2O-4, 10 % [U-100% 2H] D2O-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 - 1.0 mM [U-15N] Mo3964-6, 0.02 % sodium azide-7, 50 mM [U-100% 2H] sodium acetate-8, 90 % H2O-9, 10 % [U-100% 2H] D2O-10, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 - 1.0 mM [U-13C; U-15N] Mo3964-11, 0.02 % sodium azide-12, 50 mM [U-100% 2H] sodium acetate-13, 100 % [U-100% 2H] D2O-14, 100% D2O100% D2O
40.5 - 1.0 mM [U-15N] Mo3964-15, 0.02 % sodium azide-16, 50 mM [U-100% 2H] sodium acetate-17, 100 % [U-100% 2H] D2O-18, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMMo3964-1[U-13C; U-15N]0.5-1.01
0.02 %sodium azide-21
50 mMsodium acetate-3[U-100% 2H]1
90 %H2O-41
10 %D2O-5[U-100% 2H]1
mMMo3964-6[U-15N]0.5-1.02
0.02 %sodium azide-72
50 mMsodium acetate-8[U-100% 2H]2
90 %H2O-92
10 %D2O-10[U-100% 2H]2
mMMo3964-11[U-13C; U-15N]0.5-1.03
0.02 %sodium azide-123
50 mMsodium acetate-13[U-100% 2H]3
100 %D2O-14[U-100% 2H]3
mMMo3964-15[U-15N]0.5-1.04
0.02 %sodium azide-164
50 mMsodium acetate-17[U-100% 2H]4
100 %D2O-18[U-100% 2H]4
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 5.35 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent DD2 / 製造業者: Agilent / モデル: DD2 / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
VnmrJ3.2Variandata acquisition
Analysis2.1.5CCPNchemical shift assignment
Analysis2.1.5CCPNデータ解析
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichstructure visualization and analysis
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angle prediction
UCSF Chimera1.9Eric F Pettersenstructure visualization and analysis
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The refinement of structures in explicit water using CNS-1.3 was set up with the help of the script WaterRefCNS
NMR constraintsProtein chi angle constraints total count: 18 / Protein other angle constraints total count: 1 / Protein phi angle constraints total count: 32 / Protein psi angle constraints total count: 35
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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