PDB-2mw6: Structure of the bee venom toxin melittin with [(C5H5)Ru]+ fragme...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mw6

タイトル

Structure of the bee venom toxin melittin with [(C5H5)Ru]+ fragment attached to the tryptophan residue

要素

Melittin

キーワード

TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

other organism cell membrane / molecular function inhibitor activity / porin activity / pore complex / protein kinase inhibitor activity / monoatomic ion transport / toxin activity / killing of cells of another organism / lipid binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Apis mellifera (セイヨウミツバチ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Perekalin, D.S. / Pavlov, A.A. / Novikov, V.V.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2015
タイトル: Selective ruthenium labeling of the tryptophan residue in the bee venom Peptide melittin.
著者: Perekalin, D.S. / Novikov, V.V. / Pavlov, A.A. / Ivanov, I.A. / Anisimova, N.Y. / Kopylov, A.N. / Volkov, D.S. / Seregina, I.F. / Bolshov, M.A. / Kudinov, A.R.

履歴

登録	2014年10月28日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_spectrometer ...pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mw6.cif.gz	104.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mw6.ent.gz	84.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mw6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/2mw6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/2mw6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2mlt
類似構造データ	1z64-d 8tfv-d 2m73-d 1d9j-d 6phl-d 2lcm-d 1vdb-d 2kfe-d 1uhx-d 2mcx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25300

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Melittin

ヘテロ分子

3.14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 10	all calculated structures submitted
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Melittin / Allergen Api m 3 / Allergen Api m III 分子量: 2850.495 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 44-69 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Apis mellifera (セイヨウミツバチ) / 参照: UniProt: P01501
#2: 化合物	ChemComp-3UQ / [(1,2,3,4,5-eta)-cyclopentadienyl][(1,2,3,4,4a,8a-eta)-naphthalene]ruthenium(1+) 分子量: 294.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₃Ru
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D DQF-COSY
1	3	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細	内容: 6 mM Ru-melittin-1, CD3OH / 溶媒系: CD3OH
試料	濃度: 6 mM / 構成要素: Ru-melittin-1
試料状態	pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNSSOLVE	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	構造決定
CNSSOLVE	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 132

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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