PDB-2mw3: Solution NMR structure of the lasso peptide streptomonomicin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mw3

タイトル

Solution NMR structure of the lasso peptide streptomonomicin

要素

Lasso peptide

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / lasso peptide / antibiotic / macrocycle / RiPP

機能・相同性

Streptomonomicin peptide protein

機能・相同性情報

生物種

Streptomonospora alba (バクテリア)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Tietz, J.I. / Zhu, L. / Mitchell, D.A. / Metelev, M. / Melby, J.O. / Blair, P.M. / Livnat, I. / Severinov, K.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure, bioactivity, and resistance mechanism of streptomonomicin, an unusual lasso Peptide from an understudied halophilic actinomycete.
著者: Metelev, M. / Tietz, J.I. / Melby, J.O. / Blair, P.M. / Zhu, L. / Livnat, I. / Severinov, K. / Mitchell, D.A.

履歴

登録	2014年10月24日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mw3.cif.gz	87 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mw3.ent.gz	59.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mw3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/2mw3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/2mw3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5t56-1 2mmt-d 1d0w-d 5uy2-d 6v1n-d 2le7-d 6bvu-d 1kz2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25297

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lasso peptide

2.25 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 300	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Lasso peptide 分子量: 2252.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomonospora alba (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0C2JEQ8*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D DQF-COSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	2D 1H-1H TOCSY
1	4	1	2D 1H-13C HSQC
1	5	1	2D 1H-13C HMBC

-
試料調製

詳細	内容: 4 mM streptomonomicin, 100% methanol / 溶媒系: 100% methanol
試料	濃度: 4 mM / 構成要素: streptomonomicin-1
試料状態	温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Agilent VNMRS / 製造業者: Agilent / モデル: VNMRS / 磁場強度: 750 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR NIH	2.36	C.D. Schwieters, J.J. Kuszewski, N. Tjandra and G.M. Clore	構造決定
X-PLOR NIH	2.36	C.D. Schwieters, J.J. Kuszewski, N. Tjandra and G.M. Clore	精密化
Sparky	3.115	Goddard	peak picking
NMRPipe	8.2	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
VnmrJ	3.2A	Varian	collection
MestReNova	8.1.1	Mestrelab	chemical shift assignment
MestReNova	8.1.1	Mestrelab	解析

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 328 / NOE intraresidue total count: 137 / NOE long range total count: 79 / NOE medium range total count: 30 / NOE sequential total count: 82

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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