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万見
- PDB-2mw2: Hha-H-NS46 charge zipper complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mw2
タイトルHha-H-NS46 charge zipper complex
要素
  • DNA-binding protein H-NS
  • Hemolysin expression-modulating protein Hha
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Nucleoid-associated Proteins / Charge-zipper complex / Electrostatic-driven function / Salt-dependent dynamics
機能・相同性
機能・相同性情報


H-NS complex / H-NS-Cnu complex / H-NS-Hha complex / negative regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / bacterial nucleoid DNA packaging / bent DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin ...H-NS complex / H-NS-Cnu complex / H-NS-Hha complex / negative regulation of single-species biofilm formation on inanimate substrate / bacterial nucleoid DNA packaging / bent DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / protein-DNA complex / structural constituent of chromatin / regulation of translation / regulation of gene expression / transcription regulator complex / transcription cis-regulatory region binding / protein dimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
HHA / Haemolysin expression modulating, HHA / HHA superfamily / Haemolysin expression modulating protein / H-NS histone-like proteins / Histone-like protein H-NS / Histone-like protein H-NS, N-terminal / : / H-NS histone-like proteins, N-terminal domain / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain superfamily ...HHA / Haemolysin expression modulating, HHA / HHA superfamily / Haemolysin expression modulating protein / H-NS histone-like proteins / Histone-like protein H-NS / Histone-like protein H-NS, N-terminal / : / H-NS histone-like proteins, N-terminal domain / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain superfamily / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain / H-NS histone C-terminal domain / Domain in histone-like proteins of HNS family / Monooxygenase / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemolysin expression-modulating protein Hha / DNA-binding protein H-NS
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法溶液NMR / Rigid-body, torsion angle simulated annealing, Cartesian Molecular dynamics
Model detailslowest energy, model9
データ登録者Cordeiro, T.N. / Garcia, J. / Bernado, P. / Millet, O. / Pons, M.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2015
タイトル: A Three-protein Charge Zipper Stabilizes a Complex Modulating Bacterial Gene Silencing.
著者: Cordeiro, T.N. / Garcia, J. / Bernado, P. / Millet, O. / Pons, M.
履歴
登録2014年10月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月27日Group: Structure summary
改定 1.22018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemolysin expression-modulating protein Hha
B: DNA-binding protein H-NS
C: DNA-binding protein H-NS


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,5763
ポリマ－19,5763
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 400target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hemolysin expression-modulating protein Hha


分子量: 8642.016 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 1-72 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: hha, b0460, JW0449 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACE3
#2: タンパク質・ペプチド DNA-binding protein H-NS / Histone-like protein HLP-II / Protein B1 / Protein H1


分子量: 5467.234 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 1-46 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12
遺伝子: hns, bglY, cur, drdX, hnsA, msyA, osmZ, pilG, topS, b1237, JW1225
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACF8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
2332D 1H-15N HSQC
2433D 1H-15N NOESY
2533D 1H-15N TOCSY
2642D 1H-15N HSQC
2743D 1H-15N NOESY
2843D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.015-0.030 mM protein_1, 0.10 mM [U-100% 15N] protein_2, 20 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 0.01 w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.015-0.030 mM protein_1, 0.10 mM [U-100% 15N] protein_2, 20 mM HEPES, 150 mM sodium chloride, 0.01 w/v sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.9 mM [U-100% 15N] protein_1, 150 mM sodium chloride, 0.01 w/v sodium azide, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.9 mM [U-100% 15N] protein_2, 150 mM sodium chloride, 0.01 w/v sodium azide, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMentity_1-10.015-0.0301
0.10 mMentity_2-2[U-100% 15N]1
20 mMHEPES-31
150 mMsodium chloride-41
0.01 w/vsodium azide-51
mMentity_1-60.015-0.0302
0.10 mMentity_2-7[U-100% 15N]2
20 mMHEPES-82
150 mMsodium chloride-92
0.01 w/vsodium azide-102
0.9 mMentity_1-11[U-100% 15N]3
150 mMsodium chloride-123
0.01 w/vsodium azide-133
20 mMsodium phosphate-143
0.9 mMentity_2-15[U-100% 15N]4
150 mMsodium chloride-164
0.01 w/vsodium azide-174
20 mMsodium phosphate-184
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.167ambient 295 K
20.27ambient 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker Avance IIIBrukerAVANCE III6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Zhengrong and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CNS2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readcalculation engine
HADDOCK2.1Alexandre Bonvindata-driven docking using cns as structure calculation engine
TopSpinBruker Biospinnmr spectra acquisition
HADDOCK2.1Alexandre Bonvin精密化
CNS2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: Rigid-body, torsion angle simulated annealing, Cartesian Molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: HADDOCK modelling consists of (i) rigid-body docking, (ii) semi-flexible refinement stage and (iii) final refinement in explicit solvent., Final gentle water simulated annealing refinement ...詳細: HADDOCK modelling consists of (i) rigid-body docking, (ii) semi-flexible refinement stage and (iii) final refinement in explicit solvent., Final gentle water simulated annealing refinement protocol using molecular dynamics in Cartesian space.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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