PDB-2mw0: Kalata B7 Ser mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mw0

タイトル

Kalata B7 Ser mutant

要素

Kalata B7

キーワード

PROTEIN BINDING / Kalata B7

機能・相同性

Cyclotide, moebius, conserved site / Cyclotides Moebius subfamily signature. / Cyclotides profile. / Cyclotide / Cyclotide superfamily / Cyclotide family / defense response / killing of cells of another organism / Kalata-B7

機能・相同性情報

生物種

OLDENLANDIA AFFINIS (植物)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Kristiansen, P. / Skjeldal, L. / Goransson, U.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Kalata B7 Ser mutant
著者: Kristiansen, P. / Skjeldal, L. / Goransson, U.

履歴

登録	2014年10月22日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mw0.cif.gz	158.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mw0.ent.gz	96.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mw0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/2mw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/2mw0	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6dhr-d 1l1v-d 2jwm-d 1pt4-d 2lam-d 1ztn-d 2k7g-d 5kwp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25293

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Kalata B7

3.02 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Kalata B7 分子量: 3021.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) OLDENLANDIA AFFINIS (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P58457*PLUS
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	2D 1H-1H TOCSY
1	4	1	2D DQF-COSY
1	5	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細

内容: 1 mM Kalata B7 mutant, 5 % H2O, 95 % [U-100% 2H] D2O, 0.2 mM DSS, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	Kalata B7 mutant-1		1
5 %	H2O-2		1
95 %	D2O-3	[U-100% 2H]	1
0.2 mM	DSS-4		1

試料状態

イオン強度: 0 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
TopSpin	2.4	Bruker Biospin	collection
TopSpin	2.4	Bruker Biospin	解析
Sparky		Goddard	chemical shift assignment

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 428 / NOE intraresidue total count: 93 / NOE long range total count: 97 / NOE medium range total count: 102 / NOE sequential total count: 136 / Disulfide bond constraints total count: 9

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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