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万見
- PDB-2mv2: Solution structure of Twinstar from Drosophila melanogastor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mv2
タイトルSolution structure of Twinstar from Drosophila melanogastor
要素Cofilin/actin-depolymerizing factor homolog
キーワードACTIN BINDING PROTEIN / ADF-h fold
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of imaginal disc-derived wing hair orientation / establishment of ommatidial planar polarity / imaginal disc-derived leg segmentation / compound eye morphogenesis / mushroom body development / meiotic cytokinesis / rhabdomere development / actin filament fragmentation / actomyosin contractile ring assembly / border follicle cell migration ...establishment of imaginal disc-derived wing hair orientation / establishment of ommatidial planar polarity / imaginal disc-derived leg segmentation / compound eye morphogenesis / mushroom body development / meiotic cytokinesis / rhabdomere development / actin filament fragmentation / actomyosin contractile ring assembly / border follicle cell migration / compound eye development / centrosome separation / establishment of planar polarity / epithelial structure maintenance / actin filament severing / actin filament depolymerization / regulation of lamellipodium assembly / lamellipodium assembly / female gonad development / mitotic cytokinesis / actin filament polymerization / axonogenesis / actin filament organization / positive regulation of protein secretion / nuclear matrix / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADF/Cofilin / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cofilin/actin-depolymerizing factor homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Shukla, V.K. / Maheshwari, D. / Kumar, D. / Arora, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure and dynamics of Twinstar from Drosophila melanogastor
著者: Shukla, V.K. / Maheshwari, D. / Jain, A. / Tripathi, S. / Kumar, D. / Arora, A.
履歴
登録2014年9月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cofilin/actin-depolymerizing factor homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1811
ポリマ－17,1811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cofilin/actin-depolymerizing factor homolog / Protein D61 / Protein twinstar


分子量: 17180.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: tsr, Cadf, CG4254 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45594

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D CBCA(CO)NH
132HNCANH
1423D HNCA
1523D HNCO
1623D H(CCO)NH
1723D C(CO)NH
1833D (H)CCH-TOCSY
1922D 1H-13C HSQC aliphatic
11032D 1H-13C HSQC aromatic
11133D 1H-13C NOESY aliphatic
11233D 1H-13C NOESY aromatic
11313D 1H-15N NOESY
1143CBHD
1153CBHE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.1 % w/v [U-99% 15N] ammonium sulfate, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.1 % w/v sodium azide, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.1 % w/v [U-99% 15N] ammonium sulfate, 0.2 % w/v [U-100% 13C] Glucose, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % w/v sodium azide, 1 mM DTT, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
30.1 % w/v [U-99% 15N] ammonium sulfate, 0.2 % w/v [U-100% 13C] Glucose, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.1 % w/v sodium azide, 1 mM DTT, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.1 %ammonium sulfate-1[U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
1 mMDTT-41
0.1 %sodium azide-51
0.1 %ammonium sulfate-6[U-99% 15N]2
0.2 %Glucose-7[U-100% 13C]2
20 mMsodium phosphate-82
50 mMsodium chloride-92
0.1 %sodium azide-102
1 mMDTT-112
0.1 %ammonium sulfate-12[U-99% 15N]3
0.2 %Glucose-13[U-100% 13C]3
20 mMsodium phosphate-143
50 mMsodium chloride-153
0.1 %sodium azide-163
1 mMDTT-173
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 25 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TopSpinBruker Biospin解析
PSVSBhattacharya and Montelionestructure validation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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