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- PDB-2muu: The Proteolytic Activity of Ubiquitin-specific Protease 28 Is Mod... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2muu
タイトルThe Proteolytic Activity of Ubiquitin-specific Protease 28 Is Modulated by the N-terminal Domain
要素Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein deubiquitination involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process / deubiquitinase activity / response to ionizing radiation / protein deubiquitination / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / regulation of protein stability / cellular response to UV / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity ...protein deubiquitination involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process / deubiquitinase activity / response to ionizing radiation / protein deubiquitination / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / DNA damage checkpoint signaling / regulation of protein stability / cellular response to UV / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / cell population proliferation / Ub-specific processing proteases / nuclear body / DNA repair / DNA damage response / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ubiquitin-specific protease UIM domain / : / UBA-like domain / : / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase ...: / Ubiquitin-specific protease UIM domain / : / UBA-like domain / : / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 2. / Ubiquitin specific protease (USP) domain signature 1. / Ubiquitin specific protease, conserved site / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / UBA-like superfamily / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Wen, Y. / Shi, L. / Zhang, N.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015
タイトル: The N-terminal ubiquitin-binding region of ubiquitin-specific protease 28 modulates its deubiquitination function: NMR structural and mechanistic insights.
著者: Wen, Y. / Shi, L. / Ding, Y. / Cui, R. / He, W.T. / Hu, H.Y. / Zhang, N.
履歴
登録2014年9月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5631
ポリマ－14,5631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28 / Deubiquitinating enzyme 28 / Ubiquitin thioesterase 28 / Ubiquitin-specific-processing protease 28


分子量: 14562.968 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal Domain (UNP residues 1-120) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP28, KIAA1515 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96RU2, ubiquitinyl hydrolase 1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1323D C(CO)NH
1423D HNCO
1523D HNCA
1623D HN(CA)CB
1723D HBHA(CO)NH
1823D HN(CO)CA
1923D H(CCO)NH
11023D HN(CA)CO
11133D (H)CCH-TOCSY
11213D 1H-15N NOESY
11333D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
110 % D20, 90 % H20, 0.8-1.0 mM [U-15N] USP, 20 mM Na2HPO4/NaH2PO4, 100 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.02 % NaNH3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
210 % D20, 90 % H20, 0.8-1.0 mM [U-15N; U-13C] USP, 20 mM Na2HPO4/NaH2PO4, 100 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.02 % NaNH3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
3100 % D20, 0.8-1.0 mM [U-15N; U-13C] USP, 20 mM Na2HPO4/NaH2PO4, 100 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.02 % NaNH3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
10 %D20-11
90 %H20-21
mMUSP-28-3[U-15N]0.8-1.01
20 mMNa2HPO4/NaH2PO4-41
100 mMNaCl-51
2 mMDTT-61
0.02 %NaNH3-71
10 %D20-82
90 %H20-92
mMUSP-28-10[U-15N; U-13C]0.8-1.02
20 mMNa2HPO4/NaH2PO4-112
100 mMNaCl-122
2 mMDTT-132
0.02 %NaNH3-142
100 %D20-153
mMUSP-28-16[U-15N; U-13C]0.8-1.03
20 mMNa2HPO4/NaH2PO4-173
100 mMNaCl-183
2 mMDTT-193
0.02 %NaNH3-203
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298.2 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.34Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.34Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMR constraintsNOE constraints total: 1548 / NOE intraresidue total count: 648 / NOE long range total count: 115 / NOE medium range total count: 271 / NOE sequential total count: 514 / Hydrogen bond constraints total count: 58
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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