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- PDB-2mur: Solution Structure of the Human FAAP20 UBZ-Ubiquitin Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mur
タイトルSolution Structure of the Human FAAP20 UBZ-Ubiquitin Complex
要素
  • Fanconi anemia-associated protein of 20 kDa
  • Ubiquitin
キーワードPROTEIN BINDING / UBZ / FAAP20 / zinc-finger / Fanconi Anemia
機能・相同性
機能・相同性情報


Fanconi anaemia nuclear complex / ubiquitin-modified protein reader activity / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation ...Fanconi anaemia nuclear complex / ubiquitin-modified protein reader activity / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / Peptide chain elongation / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / polyubiquitin modification-dependent protein binding / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / translesion synthesis / interstrand cross-link repair / cytosolic ribosome / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / Glycogen synthesis / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / Regulation of FZD by ubiquitination / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / Downregulation of ERBB4 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Pexophagy / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / VLDLR internalisation and degradation / Regulation of pyruvate metabolism / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of PTEN localization / NRIF signals cell death from the nucleus / Regulation of BACH1 activity / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Translesion synthesis by REV1 / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Translesion synthesis by POLK / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Josephin domain DUBs / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / ubiquitin binding / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / Asymmetric localization of PCP proteins / TCF dependent signaling in response to WNT / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / Regulation of NF-kappa B signaling / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Vpu mediated degradation of CD4 / Assembly of the pre-replicative complex / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Degradation of DVL / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of signaling by CBL / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Fanconi Anemia Pathway
類似検索 - 分子機能
FAAP20, zinc finger UBZ2-type / FAAP20, FANCA interaction domain / : / Ubiquitin-binding zinc-finger / FAAP20 FANCA interaction domain / Zinc finger UBZ2-type profile. / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily ...FAAP20, zinc finger UBZ2-type / FAAP20, FANCA interaction domain / : / Ubiquitin-binding zinc-finger / FAAP20 FANCA interaction domain / Zinc finger UBZ2-type profile. / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / Fanconi anemia core complex-associated protein 20
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Wang, S. / Wojtaszek, J.L. / Zhou, P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Ubiquitin recognition by FAAP20 expands the complex interface beyond the canonical UBZ domain.
著者: Wojtaszek, J.L. / Wang, S. / Kim, H. / Wu, Q. / D'Andrea, A.D. / Zhou, P.
履歴
登録2014年9月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fanconi anemia-associated protein of 20 kDa
B: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7213
ポリマ－13,6562
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Fanconi anemia-associated protein of 20 kDa


分子量: 4853.492 Da / 分子数: 1 / 断片: UBZ, UNP residues 140-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C1orf86, FAAP20, FP7162 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NZ36
#2: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8802.056 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA52, UBCEP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62987
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1364D sparse-sampled (H)CCH TOCSY
1413D sparse-sampled HA(CA)NH
1513D sparse-sampled HNCO
1613D sparse-sampled HNCA
1713D sparse-sampled HN(CA)CB
1813D sparse-sampled HN(CO)CA
1913D sparse-sampled HN(COCA)CB
11014D sparse-sampled HC(CO)NH-TOCSY
11114D sparse-sampled CHNH NOESY
11213D 1H-15N NOESY
11323D sparse-sampled HA(CACO)NH
11423D sparse-sampled HA(CA)NH
11523D sparse-sampled HNCO
11623D sparse-sampled HNCA
11723D sparse-sampled HN(CA)CB
11823D sparse-sampled HN(CO)CA
11924D sparse-sampled HC(CO)NH-TOCSY
12024D sparse-sampled CHNH NOESY
12123D sparse-sampled HN(COCA)CB
12223D 1H-15N NOESY
12334D sparse-sampled CHCH NOESY
12444D sparse-sampled CHCH NOESY
12554D sparse-sampled CHCH NOESY
12623D sparse-sampled HN(CA)CO
12774D sparse-sampled (H)CCH TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM UBZ, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UBZ, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
33 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UBZ, 100% D2O100% D2O
43 mM Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UBZ, 100% D2O100% D2O
53 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 3 mM UBZ, 100% D2O100% D2O
61 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 2 mM UBZ, 100% D2O100% D2O
70.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] UBZ, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin, 25 mM sodium phosphate, 100 mM potassium chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMUbiquitin-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
25 mMsodium phosphate-21
100 mMpotassium chloride-31
2 mMUBZ-41
0.8 mMUBZ-5[U-100% 13C; U-100% 15N]2
0.8 mMUbiquitin-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
25 mMsodium phosphate-72
100 mMpotassium chloride-82
3 mMUbiquitin-9[U-100% 13C; U-100% 15N]3
25 mMsodium phosphate-103
100 mMpotassium chloride-113
3 mMUBZ-12[U-100% 13C; U-100% 15N]3
3 mMUbiquitin-134
25 mMsodium phosphate-144
100 mMpotassium chloride-154
3 mMUBZ-16[U-100% 13C; U-100% 15N]4
3 mMUbiquitin-17[U-100% 13C; U-100% 15N]5
25 mMsodium phosphate-185
100 mMpotassium chloride-195
3 mMUBZ-205
1 mMUbiquitin-21[U-100% 13C; U-100% 15N]6
25 mMsodium phosphate-226
100 mMpotassium chloride-236
2 mMUBZ-246
0.8 mMUBZ-25[U-100% 13C; U-100% 15N]7
0.8 mMUbiquitin-26[U-100% 13C; U-100% 15N]7
25 mMsodium phosphate-277
100 mMpotassium chloride-287
試料状態イオン強度: 100 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
SCRUBCoggins and Zhou解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
XEASYBartels et al.データ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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