PDB-2mso: Solution study of cGm9a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mso

タイトル

Solution study of cGm9a

要素

Conotoxin Gm9.1

キーワード

TOXIN / conotoxins / cyclic peptides / cyclization / cystine knot / drug design

機能・相同性

Spasmodic peptide gm9a / Spasmodic peptide gm9a; conotoxin from Conus species / toxin activity / extracellular region / Conotoxin Gm9.1

機能・相同性情報

生物種

Conus gloriamaris (無脊椎動物)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Akcan, M. / Clark, R.J. / Daly, N.L. / Conibear, A.C. / de Faoite, A.C. / Heghinian, M.C. / Adams, D.J. / Mari, F. / Craik, D.J.

引用

ジャーナル: Biopolymers / 年: 2015
タイトル: Transforming conotoxins into cyclotides: Backbone cyclization of P-superfamily conotoxins.
著者: Akcan, M. / Clark, R.J. / Daly, N.L. / Conibear, A.C. / de Faoite, A. / Heghinian, M.D. / Sahil, T. / Adams, D.J. / Mari, F. / Craik, D.J.

履歴

登録	2014年8月5日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月9日	Group: Database references
改定 1.2	2016年2月3日	Group: Database references
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年12月27日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mso.cif.gz	151.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mso.ent.gz	113.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mso.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mso_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mso_full_validation.pdf.gz	592.9 KB	表示
XML形式データ	2mso_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	2mso_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/2mso ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/2mso	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2msqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2khb-d 5ngn-3 2mfs-d 5x36-d 1wt8-d 2rtz-d 1qfd-d 2fqc-d 5x38-d 6d8y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25128

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Conotoxin Gm9.1

3.08 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Conotoxin Gm9.1 / Gm9a / Spasmodic protein tx9a-like protein 分子量: 3075.423 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 61-88 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus gloriamaris (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q9GU57

-
実験

実験

手法: 溶液NMR
詳細: P-superfamily conotoxin Gm9a cycled with a Gly-Leu-Pro linker

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.05-0.2 mM cGm9a, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	単位: mM / 構成要素: cGm9a-1 / Conc. range: 0.05-0.2
試料状態	圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	3	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: 10000 steps

NMR constraints

NOE constraints total: 262 / NOE intraresidue total count: 78 / NOE long range total count: 51 / NOE medium range total count: 32 / NOE sequential total count: 101 / Hydrogen bond constraints total count: 0 / Protein chi angle constraints total count: 7 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 27 / Protein psi angle constraints total count: 0

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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