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- PDB-2mrw: Solution Structure of MciZ from Bacillus subtilis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mrw
タイトルSolution Structure of MciZ from Bacillus subtilis
要素Cell division factor
キーワードCELL CYCLE / FtsZ
機能・相同性Cell division inhibitor MciZ / Mother cell inhibitor of FtsZ / sporulation resulting in formation of a cellular spore / Cell division inhibitor MciZ
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailsminimized average structure, model1
Model type detailsminimized average
データ登録者Castellen, P. / Sforca, M.L. / Zeri, A.C.M. / Gueiros-Filho, F.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: FtsZ filament capping by MciZ, a developmental regulator of bacterial division.
著者: Bisson-Filho, A.W. / Discola, K.F. / Castellen, P. / Blasios, V. / Martins, A. / Sforca, M.L. / Garcia, W. / Zeri, A.C. / Erickson, H.P. / Dessen, A. / Gueiros-Filho, F.J.
履歴
登録2014年7月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22015年5月13日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7861
ポリマ－4,7861
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Cell division factor / MciZ


分子量: 4785.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: L8EBJ9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1322D 1H-1H NOESY
1422D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2 mM MciZ, 50 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.2 mM MciZ, 50 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
0.2 mMMciZ-11
50 mMsodium phosphate-21
50 mMpotassium chloride-31
0.2 mMMciZ-42
50 mMsodium phosphate-52
50 mMpotassium chloride-62
試料状態イオン強度: 0.05 / pH: 4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent INOVA / 製造業者: Agilent / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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