PDB-2mrc: NMR Structure and 1H, 13C and 15N Chemical Shift Assignments for ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mrc

タイトル

NMR Structure and 1H, 13C and 15N Chemical Shift Assignments for High mobility group protein from Plasmodium falciparum 3D7.

要素

High mobility group protein

キーワード

PROTEIN BINDING / pathogenesis / virulence / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cytokine production involved in immune response / regulation of transcription by RNA polymerase III / DNA binding, bending / chromosome / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Tang, C. / Barnwal, R. / Varani, G. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Structure and 1H, 13C and 15N Chemical Shift Assignments for High mobility group protein from Plasmodium falciparum 3D7.
著者: Tang, C. / Barnwal, R. / Varani, G.

履歴

登録	2014年7月2日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月29日	Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conf / struct_conf_type
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mrc.cif.gz	301.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mrc.ent.gz	254.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mrc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mrc_validation.pdf.gz	402.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mrc_full_validation.pdf.gz	460.5 KB	表示
XML形式データ	2mrc_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	2mrc_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/2mrc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/2mrc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6s5z-d 1x4u-d 5ykz-d 6sws-3 4aeq-1 2axd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25068

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (5) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (5)

登録構造単位

A: High mobility group protein

10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 200	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	High mobility group protein 分子量: 10861.688 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 17-99 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 遺伝子: PfHMGB2, MAL8P1.72 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IB14

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D HN(CA)CB
1	5	1	3D HNCO
1	6	1	3D HBHA(CO)NH
1	7	1	3D H(CCO)NH
1	8	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	9	1	3D C(CO)NH
1	10	1	3D 1H-15N NOESY
1	11	1	3D 1H-13C NOESY
1	12	1	3D HNHA

-
試料調製

詳細	内容: 0.9 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] High mobility group protein, 93% H2O/7% D2O 溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料	濃度: 0.9 mM / 構成要素: High mobility group protein-1 / Isotopic labeling: [U-95% 13C; U-95% 15N]
試料状態	pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AMX	Bruker	AMX	500	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	800	2

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
TopSpin	Bruker Biospin	collection
TopSpin	Bruker Biospin	解析
TALOS	Cornilescu, Delaglio and Bax	データ解析
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
CCPNMR	CCPN	データ解析
CCPNMR	CCPN	chemical shift assignment
CCPNMR	CCPN	peak picking

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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