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万見
- PDB-2mqp: Structural Investigation of hnRNP L bound to RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mqp
タイトルStructural Investigation of hnRNP L bound to RNA
要素
  • Protein Hnrnpl
  • RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*C)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Protein-RNA Complex / RRM / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA CDS binding / mRNA Splicing - Major Pathway / response to peptide / ribonucleoprotein granule / pronucleus / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / regulation of RNA splicing / pre-mRNA intronic binding ...Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA CDS binding / mRNA Splicing - Major Pathway / response to peptide / ribonucleoprotein granule / pronucleus / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / regulation of RNA splicing / pre-mRNA intronic binding / cellular response to amino acid starvation / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation / 転写後修飾 / 概日リズム / transcription cis-regulatory region binding / ribonucleoprotein complex / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / シナプス / クロマチン / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
hnRNP-L, RNA recognition motif 3 / hnRNP-L, RNA recognition motif 4 / hnRNP-L, RNA recognition motif 1 / hnRNP-L, RNA recognition motif 2 / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ ...hnRNP-L, RNA recognition motif 3 / hnRNP-L, RNA recognition motif 4 / hnRNP-L, RNA recognition motif 1 / hnRNP-L, RNA recognition motif 2 / HnRNP-L/PTB / PTBP1-like, RNA recognition motif 2 / RRM-like domain / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA認識モチーフ / RNA認識モチーフ / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model1
データ登録者Blatter, M. / Allain, F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Investigation of hnRNP L bound to RNA
著者: Blatter, M. / Allain, F.
履歴
登録2014年6月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
Item: _pdbx_database_related.db_id / _pdbx_database_related.db_name
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Hnrnpl
B: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9382
ポリマ－14,9382
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 250structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Protein Hnrnpl


分子量: 13079.706 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 174-291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Hnrnpl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2Z3R2, UniProt: F1LQ48*PLUS
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*C)-3')


分子量: 1858.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Second RNA Recognition Motif Domain of hnRNP L bound to ACACAC RNA
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1223D 1H-13C NOESY aliphatic
1323D 1H-13C NOESY aromatic
1432D 1H-1H NOESY
1532D 1H-1H TOCSY
1643D F3-filtered-F2-edited NOESY
1742D F2-filtered NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM [U-100% 15N] protein_1, 2 mM RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*C)-3'), 60 mM sodium chloride, 40 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
22 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 2 mM RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*C)-3'), 60 mM sodium chloride, 40 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
32 mM [U-100% 15N] protein_1, 2 mM protein_1, 60 mM sodium chloride, 40 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 100% D2O100% D2O
42 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 2 mM RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*C)-3'), 60 mM sodium chloride, 40 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMentity_1-1[U-100% 15N]1
2 mMRNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*C)-3')-21
60 mMsodium chloride-31
40 mMsodium phosphate-41
1 mMDTT-51
2 mMentity_1-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
2 mMRNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*C)-3')-72
60 mMsodium chloride-82
40 mMsodium phosphate-92
1 mMDTT-102
2 mMentity_1-11[U-100% 15N]3
2 mMentity_1-123
60 mMsodium chloride-133
40 mMsodium phosphate-143
1 mMDTT-153
2 mMentity_1-16[U-100% 13C; U-100% 15N]4
2 mMRNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*C)-3')-174
60 mMsodium chloride-184
40 mMsodium phosphate-194
1 mMDTT-204
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 310.15 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 250 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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