PDB-2mqg: Solution structure of a bacterial immunoglobulin-like domain form...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mqg

タイトル

Solution structure of a bacterial immunoglobulin-like domain form a surface protein of Leptospira

要素

LigB

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Bacterial immunoglobulin-like (Big) domain

機能・相同性

機能・相同性情報

Immunoglobulin-like - #1080 / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Leptospira interrogans serovar Pomona (バクテリア)

手法

溶液NMR / distance geometry

Model details

lowest energy, model1

データ登録者

Mei, S.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2015
タイトル: Solution structure of a bacterial immunoglobulin-like domain of the outer membrane protein (LigB) from Leptospira.
著者: Mei, S. / Zhang, J. / Zhang, X. / Tu, X.

履歴

登録	2014年6月19日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2014年7月16日	ID: 2MP7
改定 1.0	2014年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月31日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mqg.cif.gz	652.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mqg.ent.gz	556.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mqg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mqg_validation.pdf.gz	530.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mqg_full_validation.pdf.gz	720.7 KB	表示
XML形式データ	2mqg_validation.xml.gz	42.8 KB	表示
CIF形式データ	2mqg_validation.cif.gz	61.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/2mqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/2mqg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5qxz-d 4esr-d 2k1r-d 6hie-d 2bt2-4 2jm5-d 4l5e-1 3owr-3 2n2o-d 5qxu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25032

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: LigB

10.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	LigB 分子量: 10426.345 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESISUES 1022-1123 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Leptospira interrogans serovar Pomona (バクテリア) 遺伝子: ligB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B5TXC6

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 2D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細	内容: 100 mM D2O-1, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 100 mM / 構成要素: D2O-1
試料状態	イオン強度: 100 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
Sparky	Goddard	chemical shift assignment
Sparky		精密化

精密化

手法: distance geometry / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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