PDB-2mq1: Phosphotyrosine binding domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2mq1

タイトル

Phosphotyrosine binding domain

要素

E3 ubiquitin-protein ligase Hakai

キーワード

LIGASE / phosphotyrosine binding

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA N6-methyladenosine methyltransferase complex / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of cell adhesion / positive regulation of endocytosis / regulation of cell adhesion / RING-type E3 ubiquitin transferase / cell-cell adhesion / ubiquitin protein ligase activity / protein ubiquitination / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

minimized average structure, model1

Model type details

minimized average

データ登録者

Mukherjee, M. / Jing-Song, F. / Sivaraman, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Dimeric switch of Hakai-truncated monomers during substrate recognition: insights from solution studies and NMR structure.
著者: Mukherjee, M. / Jing-Song, F. / Ramachandran, S. / Guy, G.R. / Sivaraman, J.

履歴

登録	2014年6月11日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2mq1.cif.gz	553.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2mq1.ent.gz	458.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2mq1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2mq1_validation.pdf.gz	540 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2mq1_full_validation.pdf.gz	769.5 KB	表示
XML形式データ	2mq1_validation.xml.gz	57.7 KB	表示
CIF形式データ	2mq1_validation.cif.gz	73.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/2mq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/2mq1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5xp1-3 5xp1-6 2pbc-4 6s93-1 5gtx-2 5xqy-4 1ar2-d 1lve-d 5ie8-d 5xj4-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 25008

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E3 ubiquitin-protein ligase Hakai

ヘテロ分子

10.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 20	all calculated structures submitted
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase Hakai / Casitas B-lineage lymphoma-transforming sequence-like protein 1 / E-cadherin binding protein E7 / c- ...Casitas B-lineage lymphoma-transforming sequence-like protein 1 / E-cadherin binding protein E7 / c-Cbl-like protein 1 分子量: 10219.141 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 106-194 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cbll1, Hakai / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9JIY2, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

#1: タンパク質

E3 ubiquitin-protein ligase Hakai / Casitas B-lineage lymphoma-transforming sequence-like protein 1 / E-cadherin binding protein E7 / c- ...

分子量: 10219.141 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 106-194 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cbll1, Hakai / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9JIY2, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）

#2: 化合物

ChemComp-ZN / ZINC ION

分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D HN(CA)CB
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	5	1	3D HN(CA)CB
1	6	1	3D HNCO
1	7	1	3D HN(CO)CA
1	8	1	3D HBHA(CO)NH
1	9	1	3D 1H-15N NOESY
1	10	1	3D HN(COCA)CB

-
試料調製

詳細

内容: 50 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] potassium phosphate-1, 5 mM DTT-2, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
50 mM	potassium phosphate-1	[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]	1
5 mM	DTT-2		1

試料状態

イオン強度: 0.05 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	構造決定
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 1087 / NOE long range total count: 344 / NOE medium range total count: 193 / NOE sequential total count: 338

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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