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万見
- PDB-2mp4: Solution Structure of ADF like UNC-60A Protein of Caenorhabditis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mp4
タイトルSolution Structure of ADF like UNC-60A Protein of Caenorhabditis elegans
要素Actin-depolymerizing factor 1, isoforms a/b
キーワードPROTEIN BINDING / ADF/cofilin protein
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle thin filament assembly / actin filament fragmentation / actin filament severing / actin filament depolymerization / embryo development ending in birth or egg hatching / locomotion / positive regulation of actin filament polymerization / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament binding ...muscle thin filament assembly / actin filament fragmentation / actin filament severing / actin filament depolymerization / embryo development ending in birth or egg hatching / locomotion / positive regulation of actin filament polymerization / striated muscle thin filament / skeletal muscle thin filament assembly / actin filament binding / actin cytoskeleton / ribonucleoprotein complex / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADF/Cofilin / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin-depolymerizing factor 1, isoforms a/b
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Shukla, V. / Yadav, R. / Kabra, A. / Kumar, D. / Ono, S. / Arora, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Structure and Backbone dynamics of ADF like UNC-60A protein from Caenorhabditis elegans: its divergence from conventional ADF/cofilin
著者: Shukla, V. / Yadav, R. / Jain, A. / Tripathi, S. / Kabra, A. / Kumar, D. / Ono, S. / Arora, A.
履歴
登録2014年5月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2014年6月11日ID: 2LRB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin-depolymerizing factor 1, isoforms a/b


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3921
ポリマ－18,3921
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Actin-depolymerizing factor 1, isoforms a/b / Uncoordinated protein 60


分子量: 18391.828 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-156 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: unc-60, C38C3.5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / Variant (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07750

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1223D HN(CA)CB
1323D CBCA(CO)NH
1423D HNCO
1523D HNCA
1623D C(CO)NH
1723D H(CCO)NH
1833D (H)CCH-TOCSY
1932D 1H-13C HSQC aliphatic
11032D 1H-13C HSQC aromatic
11113D 1H-15N NOESY
11233D 1H-13C NOESY aliphatic
11333D 1H-13C NOESY aromatic
11422D CB(CGCDCE)HE
11522D CB(CGCD)HD
11623D HN(CA)CO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.65 mM [U-99% 15N] UNC-60A-1, 20 mM sodium phosphate-2, 50 mM sodium chloride-3, 0.1 % sodium azide-4, 7 % [U-99% 2H] D2O-5, 93 % H2O-6, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.65 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] UNC-60A-7, 20 mM sodium phosphate-8, 50 mM sodium chloride-9, 0.1 % sodium azide-10, 7 % [U-99% 2H] D2O-11, 93 % H2O-12, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
30.65 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] UNC-60A-13, 20 mM sodium phosphate-14, 50 mM sodium chloride-15, 0.1 % sodium azide-16, 100 % D2O-17, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.65 mMUNC-60A-1[U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
0.1 %sodium azide-41
7 %D2O-5[U-99% 2H]1
93 %H2O-61
0.65 mMUNC-60A-7[U-99% 13C; U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphate-82
50 mMsodium chloride-92
0.1 %sodium azide-102
7 %D2O-11[U-99% 2H]2
93 %H2O-122
0.65 mMUNC-60A-13[U-99% 13C; U-99% 15N]3
20 mMsodium phosphate-143
50 mMsodium chloride-153
0.1 %sodium azide-163
100 %D2O-173
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker Avance3BrukerAvance38002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
PSVS1.4Bhattacharya and Montelionevalidation of structural parameter
iCINGDoreleijersvalidation of structural parameter
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNS精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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